，一應仿長安朝廷設定，尚書、門下、中書三省，又有三臺六部五寺九監，留守部衙規則只比長安中樞朝廷低半格。李璟就任上京尚書令兼中書令、侍中，並任御史臺御史大夫。
新設三省六部九寺五監三臺，與秦藩諸部衙合併。合併後，上京總有六省，除尚書、門下、中書核心三省外，還有秘書省、殿中省、內侍省三省輔助，主掌宮廷等事務。在尚書省下的六部之外，還有九寺的職能為六部補充，並且秦藩還設有次一級的財政、建設、交通等十八個司，這十八個司並不直屬於六部，是獨立於六部二十四司之外的新設之司。
原有的監察廳、檢察廳等廳衙依然保留，加上秦藩原來的內閣和五軍都督府以及參謀院，整個秦藩的中央部衙規模擴大許多，職能分工更加明確。
總的來說，依然是省閣院府的格局。三省和內閣及參謀院、五軍都督府這四大部門為核心。
上京各部衙紛紛兼併重組或者新設。整個燕京的權力格局也再一次洗牌。
李璟也藉此機會。開始對調中樞的重要官員們。
尚書省的崔芸卿和李振這兩個左右僕射，李璟將他們調任到門下和中書二省，尚書省其它官員也多調任二新設之省，然後又從地方各行省抽調官員以及部份燕京官員，組成新的尚書省。同時，內閣也完成換屆，原內閣學士們調任地方，新的內閣學士從各書院和學院抽調德高望重的學者擔任。就連參謀院和五軍都督府也與兵部一起。三衙對調。
短短時間，李璟就對整個秦藩的上層來了一次大調整，其目的自然是不讓人長期執掌一衙，特別是掛著參加政事的政事堂宰相們長期把持一衙，使得諸相的權利過大，以影響抑制李璟的君權。早在以前，李璟就定下了各個官職的任期，這並非是空話。
如尚書省的左右僕射，這是首相和次相，李璟早就規定。五年一任，最多連任兩年。屆滿之後。就得轉任他職。按李璟的制度，以後各省的主官，如尚書省左右僕射，門下省門下左右侍郎，中書省中書左右侍郎等必須有先在地方擔任總督的履歷，才能入選。而少則一屆，多則兩屆之後，三省主官要麼退休，要麼就得按制度對調中央他省。第二次中央三省任職，只能任職一屆五年，屆海後，要麼加大學士、或者太傅等榮銜成為秦王顧問不再理具體事務，或者再轉任地方行省擔任總督職務。
這是一個嚴格的規定，三省的主官，得先有地方總督的任職履歷，然後得在六部中擔任過尚書主官，之後才能拜相成為三省主官。拜相入三省後，第一次可以連任兩屆，最多十年。然後必須得轉任三省中的其它二省，或者轉調地方行省。第二次中央三省主官只能擔任一屆，屆滿就得離職，或者調入地方，或者加榮銜成為秦王顧問，不再理具體實務。
對於其它的中央主要官職也幾乎如此，內閣成員更是隻能從學院和書院中選任德高望重五十歲以上者，任滿最多兩屆就不能再連任。
而分掌兵權的參謀院和五軍都督府以及兵部三衙，更是嚴格規定不得連任，五年期滿，就得三衙對調。
雖然這樣的制度，會照成一些弊端，比如一些賢相可能得受制於任期，任滿之後不得續任。但李璟認為，把官員的任期縮短，也還是利大於弊端的。把整個官制弄的流動起來，這會大大增加中央和君主的集權，防止出現權相，或者各部衙職能下降的危害。同樣的，這也是增強君主權威，平衡秦藩官制設定中諸相權力很大的一種方法。
在李璟如今的權威之下，這新的改革很快就頒行下去。
崔芸卿調任到了遼西行省任總督，保留同平章事的宰相榮銜，和太傅的榮銜，但不再是政事堂會議成員，也就等於不再是真正的宰相。尚書右僕射李振，則被調任中書省門下左侍郎之職，按新制度，三省的六個主官