外後果，那就是無意中把元文都和段達等輔政大臣嚇了一個魂飛魄散，在不知道王世充是真的被迫告假的情況下，元文都和段達等人無不懷疑風聲已經走漏，王世充已經知道他們準備殺他。其中性格懦弱的段達在極度恐懼之下，為了保住自己的性命，居然腦袋進水的派出了女婿張志跑到王世充面前告密，還讓張志告訴王世充，說自己負責太陽門的防禦，王世充如果願意進兵宮城，他可以開啟太陽門迎接王世充入宮。
就這樣，東都兵變不可避免的發生了，怒不可遏的王世充為了自保，也是出於本能的自衛，立即召集麾下將領商議清君側，而忠於隋煬帝的大將費青奴已經在此前戰死殉國，餘下的掌兵將領不是王世充的親戚，就是王世充的心腹，又飽受缺糧折磨牢騷滿腹，對成天舞文弄墨不幹正事的無能忠臣元文都等人早就充滿怨氣，聽了王世充的決定不僅沒有一人反對，還全都鼓掌叫好，立誓追隨王世充行事。
再接著，王世充立即集結了以淮南舊部為骨幹的兩萬精銳，向他們公佈了元文都等人準備冤殺自己的事，當眾宣佈起兵清君側，又承諾成功之後重賞士卒，把日漸短缺的城內糧食優先供應過飽受缺糧之苦的軍中將士，兩萬將士在將領率領下齊聲領命，接著又在王世充的親自率領下向皇城開拔，刀鋒直指東都皇城外唯一適合大規模作戰的右宣輝門。王世惲和王世辨等人也立即率領其他城門的駐軍，迅速封鎖城內大小道路及天津橋等要害，禁止行人通行。
關鍵時刻，楊侗和元文都等人又幹了一件蠢事，沒有固城自保，還命令守皇城的將軍跋野綱率領皇城守軍出門反擊，知道王世充厲害的跋野綱被逼率軍出城，再當看到王世充的大軍殺氣騰騰的撲來時，很清楚自己不是王世充對手的跋野綱乾脆利落的臨陣投降，獻出右宣輝門還率軍加入了王世充的兵變行列，王世充的軍隊長驅直入，迅速接管皇城並直撲太陽門。
和約定的一樣，段達很守信用的開啟了太陽門迎接王世充入城，正在督促御林軍守衛其他宮門的元文都和盧楚等人措手不及，只能是趕緊奔回乾陽殿去求楊侗救命，楊侗被迫無奈，只能是走出乾陽殿外，厲聲喝問王世充來此做甚。王世充下馬，忍著腳疼向楊侗跪拜叩首，大聲說道：“陛下，元文都和盧楚等奸臣聽信謠言，無端要殺害微臣，微臣不得以率軍清君側！請陛下處死元文都和盧楚等奸臣佞賊，微臣情願領罪！”
與此同時，匆忙率軍趕來增援的將軍費曜被王仁則輕鬆擊敗，王世充軍迅速包圍乾陽殿，王世充再次開口逼迫楊侗交出元文都等人，年僅十五歲的楊侗受脅迫不過，只能是命令侍衛拿下元文都和盧楚等人，交給王世充處治。而當侍衛按住了元文都後，元文都流下了眼淚，哽咽說道：“陛下，老臣今日死，恐怕明天就輪到你了。”
聽到這話，楊侗放聲大哭，卻還是沒有勇氣留下元文都，仍然還是揮手讓侍衛把元文都等人推下乾陽殿，交給王世充軍亂刀砍死。
元文都，你是個忠臣，是你阻止了陳應良獨霸東都，你也沒有看錯王世充，但是，你是一個無能的忠臣，你沒有能力擋住歷史巨輪的七十碼。
隋義寧元年、皇泰元年七月二十一日，王世充在江都發生兵變，殺元文都、皇甫無逸、盧楚、郭文懿和趙長文等五大輔政大臣，並處死他們全家，皇泰帝楊侗被迫不過，只能是冊封王世充為左僕射，總督內外諸軍事