懷風藻》的記載，這時關於持統天皇之後的繼承人問題，持統天皇招集皇族、臣下商議，很多主張應該由天武天皇其他兒子繼承皇位，但持統天皇意圖讓自己的孫子輕皇子繼承，隨著葛野王對眾人一聲大喝，出了結果，持統天皇十一年，正式冊立輕皇子為皇太子。
持統天皇十一年，讓位於15歲的輕皇子，即文武天皇。日本史上，持統天皇是在世的天皇中繼皇極天皇之後第二個讓位的，並且是第一個太上天皇
持統上皇讓位後仍與文武天皇並座，處理政務。文武天皇時代最大的政績是大寶律令的制定、施行，也被認為是持統上皇的意志。但是，代替壬申之亂功臣的藤原不比等這些傾倒於大唐文化年輕人才崛起，持統朝受到打壓的刑部親王復出政壇，所以也有學者認為文武朝有了變化，不完全是持統上皇的意志所主導。
文武天皇二年，持統上皇病發，去世後經一年的殯禮後火葬，骨灰合葬於天武天皇之墓，這次是天皇火葬的首例。
總的來說，持統天皇在日本歷史上，是個很有特色的女性天皇，與其他女帝常常由別人代行執政不同，持統天皇統治期間的政策完全是由持統天皇親自推行的。持統天皇不是政治上的裝飾品，而是有執政能力的實質的統治者。
《日本書紀》記載持統天皇輔佐天武天皇平定天下，在政治的各個方面獻言獻策。退位於文武天皇后仍與文武天皇並座，處理政務。持統天皇對政治的干預不僅限於其在位期間。持統天皇和天武天皇一起，被和歌歌頌為“大君是天神降世”，天皇權力強化路線達到了最高點。
作為政治家的持統天皇的作用和動機，通常的看法是持統天皇要在天武天皇之後，由其子草壁皇子、孫輕皇子繼承皇位。持統天皇希望草壁皇子被立為天武天皇的繼承人，說服天武天皇冊立草壁皇子為皇太子，在天武天皇死後，又排除了草壁皇子的潛在皇位競爭者大津皇子。持統天皇計劃在天武天皇的葬禮結束之後，就讓草壁皇子即位，但草壁皇子在計劃實現前就去世，不得已只能由自己親自即位。但遠山美都男認為，持統天皇並不是只打算做一個政權過渡人物，而是要作為君主行使實質性政治權力。持統天皇從一開始，就以皇位為目標，擁有政治上的野心。
以持統天皇積極進取的性格和優秀的能力為前提，有很多謀略被認為是持統天皇所籌劃。壬申之亂，通常的看法是由她協助大海人皇子發動，甚至有人認為她就是壬申之亂的首謀。
這樣的一個女人，即便是放在華夏，那也是武則天一類的人物，有心計，有膽識，有謀略，最重要的是有野心。
天武天皇對凡海氏皇后也十分倚重，見是她來了，禁皺的眉頭才稍稍鬆開了些：“皇后！唐國不肯言和，皇國危在旦夕，朕豈能不憂慮啊！”
凡海氏皇后聞言，道：“阿畢麻呂大人不是說已經說動了幾個豪族番主出兵，抵禦唐軍了嗎？只要有人能響應陛下的號召，那麼其他的豪族也就不能在坐視不理了，不然的話，他們手下的那些小豪族就會反對他們，陛下！事情不是已經有了轉機嗎？您為何還要如此憂慮！”
天武天皇面陳似水，愁眉苦臉道：“兵是有了，可是沒有軍餉，又能如何，到時候軍隊因為糧草不濟，發生譁變，事情只怕會變得更糟糕！”
凡海氏皇后聞言，也是一陣皺眉，道：“難道就沒有別的辦法了嗎？”
天武天皇嘴裡發苦，道：“村國男依倒是想出了一個法子！”
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凡海氏皇后忙問道：“是什麼辦法？”
天武天皇知道凡海氏皇后是個膽識謀略不弱於他的女中豪傑，歷史上他出家隱居的時候，面對侄子的逼迫，就是凡海氏皇后幫他堅定了信心，發動了壬申之變，一舉奪去了皇