。登陸艦隊在重巡洋艦、戰列艦及驅除艦的掩護下，在瓦湖島南部偷偷向珍珠港靠攏。
登陸艦隊匯合提前來的第二、第三潛艇大隊。然後第二潛艇大隊7艘潛艇搭載一個大隊日軍的第二登陸突擊隊，在珍珠港東南方伺機待命。空襲開始後，迅速登陸並對甘希姆機場發動攻擊。日軍最擔心是福特島的惠勒機場和東部毗鄰的甘希姆機場上的飛機的威脅。一旦這兩座機場被佔領，日軍航母就會放心大膽的向珍珠港靠攏，並近距離支援登陸作戰。
第一、第二潛艇和第三潛艇艦隊，除了對珍珠港內可能出來的戰艦實施攔截作戰和封鎖任務，但是組主要的任務是並配合大型運輸艦登陸作戰。同時保證登陸部隊的安全。
特別攻擊艦隊下轄，5艘攻擊潛艇，並各自攜帶5艘袖珍潛艇，袖珍潛艇的任務是偷襲開始後，趁著美軍混亂潛入軍港內，在水下對美軍的艦艇發射魚雷進行攻擊。另外根據作戰需要，伊10號潛艇負責偵查斐濟、薩摩亞群島，伊26號潛艇負責對阿留申群島實施偵查和警戒。日本海軍指定的偷襲攻佔計劃，每個細節幾乎都想到了堪稱完美。
第一航空戰隊由南雲直接指揮，第二航空戰隊由山口多聞少將指揮，第三航空戰隊由原中一少將指揮。整個航母艦隊作戰飛機358架，其中零式戰鬥機78架，九七式魚雷轟炸機145架，九九式俯衝轟炸機135架，其他的為偵察機臨晨三時，南雲最後接到東京大本營的攻擊命令，同時他也接到了聯合艦隊司令官三本五十六的命令：“皇國興廢，繫於此戰，各官兵必要盡其責，鞠躬盡瘁！臨晨四點他接到潛伏在珍珠港間諜的最後資訊，珍珠港內目前停泊著企業號航空母艦，列剋星敦號航母，軍港內停泊9艘戰列艦，三艘巡洋艦，驅除艦25艘。船塢內停泊巡洋艦4艘、戰列艦3艘，顯然船塢內的戰艦正在經行正常維修。另外港內沒有設定魚雷安全網和放空氣球，夏威夷也沒有任何緊急廣播。
其實在4時左右出現了意外，一艘日軍的袖珍偵查潛艇在檀香山港前暴露，美軍的掃雷艇禿鷹號發現了一個潛望鏡，隨後驅除艦華德號發動攻擊投下深水炸彈。接著華德號立刻向海軍總部報告此事，可是並未引起重視。
瓦湖島正北150公里，南運中一率領航母攻擊艦隊到達攻擊位置。實際上在230公里，航母艦載機已經進入有效攻擊位置。但是日軍為了攻佔夏威夷群島，因此必須進入更加有效的攻擊距離。當南雲中一接到突擊登陸分隊已經上島，支援登陸部隊已經靠近瓦湖島時，他命令艦隊進入攻擊準備。
凌晨5時，各航空母艦的甲板上發出巨大的轟鳴，第一批攻擊飛機開始雲集。第一批次攻擊動用189架作戰飛機，其中55架九七式魚雷攻擊機，作為水平轟炸機，攜帶1760磅重穿甲彈，重點對付美軍的航母及大型戰艦。九七式魚雷攻擊機指揮官是淵田美津雄，攻擊分4個機隊。
為了有效攻擊，41架九七式魚雷攻擊機，裝備九七式魚雷，專門對付戰艦。九七式魚雷轟炸機為第一小組，他們的目標就是航空母艦和大型水面戰艦。南雲中一命令，對於船塢裡面的大型戰艦不許攻擊，他的意圖非常明顯，那就是要完整的俘獲這些戰艦為己所用。
第二攻擊小組為51架九九式俯衝轟炸機，並攜帶550磅航空炸彈，目標是各機場上的停駐的飛機，其主要目標是惠勒機場和甘希姆機場。該小組指揮官為村田重治，分為4個機隊。
第三攻擊小組為43架零式戰鬥機，目標主要是各機場起飛的作戰飛機，奪取制空權。該小組指揮官為板古茂。
此時天已經大亮，太陽還沒有升起。夏威夷群島還處在一片安靜之中。島上只有少數人起床，絕大部分人還處於休息狀態。在美軍奧帕納雷達站兩名值班的上等兵，5點35分左右，在屏