始末原委，又拿出侯君集與李承乾來往的書信啟給他看，侯君集理屈詞窮，只得服罪。
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侯君集依律當滿門抄斬，但侯君集在戰爭年代戰功卓著，一直是太宗的心腹大臣，所以太宗不想殺侯君集，便對文武百官求請道：“往者家國未安，君集實展其力，不忍置之於法。朕將乞其性命，公卿其許我乎？”
但大臣們都認為：“君集之罪，天地所不容，請誅之以明大。法。”
太宗只好對侯君集說：“與公長訣矣，而今而後，但見公遺像耳！”說罷，潸然淚下。侯君集也磕頭表示服罪。
侯君集因謀反被殺，並沒收了他所有的家產。臨刑前，侯君集從容不迫，對監斬官說：“君集豈反者乎，蹉跌至此！然嘗為將，破滅二國，頗有微功。為言於陛下，乞令一子以守祭祀。”
太宗聞之，特意開恩，留下了他的妻子和一個兒子，將他們遷到嶺南。
歷史上的侯君集有三個兒子，但是在這個世界上侯君集卻只有一個女兒，如今犯了這等十惡不赦的重罪，侯家基本上也就算是破落了。
縱觀侯君集一生，起步平庸，但在爭戰年代，始終效命於太宗，所以能夠平步青雲，後來率軍遠征，克敵制勝，確實有功於國，然而他又棄前功而構後罪，貪贓任性，直至圖謀造反。
侯君集也確有宰相之才，魏徵就曾向太宗推薦過侯君集，讓他任僕射，並說：“國家安不忘危，不可無大將，諸衛兵馬宜委君集專知。”
但太宗認為君集喜歡自我誇耀，所以沒有重用。
侯君集一直作為太宗的忠實追隨者而備受器重。他和秦叔寶、尉遲恭不同，不是以驍勇而充當太宗的打手，他又和李靖，李世績不同，他從頭到尾都是秦府的人。。同時，他的祖輩是關隴軍事貴族集團中的成員，這也是他受信任的一個重要原因。
在玄武門之變中，侯君集扮演了一個非常重要的角色，促使太宗的最終決策，並且是太宗進入玄武門隨行九人之一。史稱“建成、元吉之誅，君集之策居多”。這從事後的封賞也可看出，侯君集食邑千戶，僅次於尉遲、房、杜、長孫幾人，而在諸將之上。
太宗即位後，侯君集一直握有很大的兵權。貞觀四年，又以兵部尚書參與朝政而入相。他雖然出身行伍，但是被重用後，開始認真讀書，後來他還擔任吏部尚書主持典選，工作比較出色，得到朝野的好評。
在原本的歷史上，侯君集在貞觀時期參與了兩次較大規模的戰爭。第一次是貞觀九年由李靖總指揮的滅吐谷渾之戰。他在此次戰爭中擔任一支方面軍的指揮官，積石道行軍總管。戰爭初期，由於吐谷渾可汗慕容伏允實施堅壁清野的防禦政策，致使數道唐軍因補給不濟而退保鄯州。
這時，鄯州道行軍總管任城王李道宗提出：“柏海近河源，古未有至者。伏允西走，未知其在，方馬癯糧乏，難遠入，不如按軍鄯州，須馬壯更圖之。”
侯君集卻以為不妥，他認為：“王師已至，而賊不走險，天讚我也。若以精兵掩不備，彼不我虞，必有大利。若遁岨山谷，克之實難。”
主張趁敵人未注意以精兵追擊。這個提議得到主帥李靖的支援。果然，李道宗很快追上了伏允，大敗之。後來李靖兵分二路，侯君集和李道宗負責南線戰場，李靖、李大亮等北上，李靖部將薛萬徹等追伏允至圖倫磧深處，成功結束了戰爭。
這次戰爭充分顯示了侯君集清醒的戰場意識以及較出色的指揮才能。雖然侯君集後來擔任過防禦吐蕃的當彌道行軍大總管等總指揮職務，但是最終另他成為李靖以後軍隊第一號人物的戰爭是貞觀十四年滅高昌之戰。
不過現在的歷史已經發生了巨大的改變，侯君集如同歷史上一樣，參與了第一次征討吐谷渾的戰爭