以往在會議上十分活躍，滿面春風的汪精衛愁容滿面，悶悶不樂，在座的共產黨籍的中央執行委員們，深思少語。在會上得意之中更有狡詐的國民黨右派們，跟著蔣介石，活動頻繁，對汪精衛冷嘲熱諷，對中共時有惡語。
對於蔣介石來說，這次會議是“歷史性”的。會上，經蔣介石提議，由張靜江正式接替汪精衛出任國民黨中央執行委員會主席，由譚延輳д�澆猶嬙艟�萊鋈喂�竦持醒胝�位嵋櫓饗�婀�裾��饗�Ｕ餉匆煥矗��槭�絞ち慫�詮�竦襯謐鈧匾�畝允幀��艟�饋Ｋ淥到�槭�約翰⒚揮諧鋈喂�竦持醒脛蔥形�被嶂饗���啪步�Ｈ未酥埃�簿偷扔謁�Ｈ瘟恕�
會議的另一重要議題，是透過由蔣介石、張靜江研究多日、以“消除疑慮、杜絕糾紛”為藉口而提出的《整理黨務案》。這一針對中共的《整理黨務案》規定：
“凡他黨加入本黨者，各黨應將其加入本黨黨員之名冊，交本黨中央執行委員會主席儲存”；
“凡他黨加入本黨之他黨黨員，不得充任本黨中央機關之部長”；
“對於加入本黨之他黨黨員，各該黨所發之一切訓令，應先交聯席會議透過”；
“凡加入本黨之黨員須重新登記”；
中山艦事件（7）
這裡的“他黨”實際上指的就是中國共產黨。
“整理黨務”，實際上是從國民黨中清除中###員，雖說蔣介石一再宣告，“並不是限制共產黨”。
在中共內部對於《整理黨務案》爭議激烈，毛澤東主張“堅持頂住”，但張國燾作為中共中央代表，按陳獨秀的意見，要大家簽字接受，毛澤東拒絕簽字。由於第三國際和斯大林要求中共作出妥協，以保持統一戰線內部的團結；也因為組織工農武裝、發動工農革命的時機還沒有成熟，中共領導層內部意見也不一致，反擊國民黨新右派的主張未被接受，所以會議開了一週，《整理黨務案》在會上如數透過，蔣介石大獲全勝。
此時在上海正在召開西山會議派的偽“二大”。蔣介石一手製造的“3·20事件”和推出的限共措施，得到了這些老右派的歡呼，他們特意給蔣介石發來賀電：“蔣介石同志忠於黨，而為徹底清黨運動則是實”，“此聞諸同志以迅速手段，勘定叛亂，忠勇明敏，功在黨國。”
蔣介石見西山會議派的賀電等於把自己列入右派行列，如果不採取措施證明自己的“革命態度”，無疑會毀掉自己大好的政治前途，於是在二屆二中全會上趕緊自請處分，並譴責偽“二大”希圖顛覆國民政府，摧殘本黨，為自己進行洗刷。
在二中全會上感覺到已經無力迴天的汪精衛只有選擇出國，離開廣州，他不等開完二中全會，便繞道香港去了法國。
真是無巧不成書，胡漢民也是在同一天，即5月11日離開了廣州。他是4月24日與鮑羅廷一道從蘇聯回國的。當時他在蘇聯聽說汪精衛“失蹤”很興奮，盤算著回廣州接替汪精衛的空缺。不料他回廣州後，蔣介石不買他的賬，冷落了他，而且二中全會只是“限共”，並沒有實現他向蔣介石極力主張的“清共”，弄得他好不尷尬。無可奈何，胡漢民只得坐船前往香港。他上了船，竟然遇見了汪精衛。在孫中山去世之後，他倆在國民黨內的地位均高於蔣介石，被人們視為孫中山的接班人，眼下，卻都被蔣介石逐出，坐在同一條駛往香港的輪船上，真是不勝感慨！汪、胡的出走，為蔣介石上升為國民黨領袖掃清了道路。
國民黨在二屆二中全會後，根據“整理黨務案”，開始改組國民黨中央黨部。蔣介石接替中###員譚平山出任組織部長；葉楚愴取代中###員劉伯垂出任中央執行委員會秘書長；顧孟餘取代毛澤東出任宣傳部長；甘乃光取代中###員林伯渠出任農民部長