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也就是說，朱元璋在很早之前就看不上建文帝，但當時各藩王鎮守邊疆重地、手握重兵，為了不引起內亂，才打消了立朱棣的念頭，同時也為建文帝留下了禍根。
朱允炆繼位後開始削藩。在削藩順序上，齊泰認為應先削實力最強的燕王，時戶部侍郎卓敬亦上疏請改燕王封地於南昌；但黃子澄反對，認為燕王有功無過，為了爭取輿論支援，應該先找有問題的親王下手。惠帝支援黃子澄，遂先後廢除五位親王。洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他與燕王沆瀣一氣，於是決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發父親謀反，於是派曹國公李景隆以備邊之名經過開封，將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往雲南蒙化（今昆明以西、大理以南）。建文元年（1399年）四月，削齊、湘、代三位親王，廢為庶人。湘王不堪受辱，為保名節舉家****；齊王被軟禁在南京；代王被軟禁在封地大同。兩個月後，削岷王，廢為庶人，徙漳州。由於朝廷削藩激化矛盾，藩王與朝廷開始決裂，秦王和晉王先後病逝，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之首。而朱允炆與朱棣之間的博弈亦逐漸激化。
朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為“靖難”，即靖禍難之意。因此，歷史上稱這場朱明皇室內部的爭奪戰爭為“靖難之役”。
建文帝是一個很優柔寡斷的皇帝，同時也很婦人之仁，在四年博弈中，他有很多次機會滅了朱棣，但他沒有，他對部將說我要活叔父，不要死朱棣，也正是因為建文帝的婦人之仁，令朱棣數次死裡逃生，最後這位軟弱的皇帝才走到了盡頭，丟掉了江山。
正史記載，燕軍進南京，朱允炆見事不可為，遂在皇宮放火，所以南京城內的皇宮大院起了火。當火勢撲滅後發現了幾具燒焦了的屍體，據說它們是皇帝、馬皇后（於1395年結婚）和他的長子朱文奎（1396年生）的屍體。朱棣入城，執其中一燒焦屍體的手痛苦，“傻小子，何苦如此”，隨後六月廿日以天子禮葬之，昭告天下，建文帝已****。
但更多的史書卻說，建文帝之死，是一個千古的謎題。
《成祖本紀》說：“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中”。
《太宗實錄》雲：（在燕兵攻陷京師後，建文帝）“遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！”
朱棣登位後在給朝鮮國王的詔書上亦曰：“不期建文為權奸逼脅，闔宮自己焚燃”（《明實錄·太宗實錄》。
《補本》記載：“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。”
《明史·建文皇帝本紀》：“上入宮，忽火發，皇后馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮……因指燼中後骨以為上！”。
《明史·恭閔帝》敘述更相當混亂，稱：“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中，越八日壬申葬之。或雲帝由地道出亡…自後滇、黔、巴、蜀間，相傳有帝為僧時往來跡。”