十六年二月初一，鄭勛睿以南京兵部尚書的名義，在兵部召集了諸多的官吏，宣佈他對南京六部都察院大理寺國子監以及錦衣衛南京京營等的調整方案。
南京京營裁撤，其所擁有的官田，全部收歸應天府衙，南京京營的三萬軍士，採用逐步裁減的方式進行整合，其原來所有的軍營，直接劃撥給鄭家軍作為軍營，南京錦衣衛裁撤，所有的錦衣衛，一律遣送到京城去安置。
南京六部都察院以及大理寺國子監等機構，進行大規模的調整，所有的主官幾乎都進行了調整。
鄭勛睿依舊兼任南京兵部尚書，周延儒出任南京吏部尚書，徐望華出任南京戶部尚書，楊廷樞出任南京禮部尚書，鄭錦宏兼任南京刑部尚書，甘學闊出任南京工部尚書。
文震亨出任都察院左都御史，陳於泰出任國子監祭酒。
梁興力出任大理寺卿。
文坤出任陝西巡撫，趙單羽出任浙江巡撫，李巖出任四川巡撫，徐吉匡出任湖廣巡撫，馬祝葵出任山東巡撫。
曹馳出任漕運總督。
吳偉業出任應天府尹，原應天府尹林宗輝出任南京兵部左侍郎。
熊文燦出任戶部左侍郎。
裁撤應天巡撫鳳陽巡撫登萊巡撫等職務，浙江山東湖廣四川陝西等地，設定一個巡撫，以巡撫為最高長官，統領全省民生事物，巡撫歸南京六部統一管轄，代表南京六部管轄本地的各級官吏，四品以下官吏可酌情調整，報備南京六部，四品以上官員需呈報南京六部批准，方可調整。
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