由於李鴻章怕遞解北京途中捻部餘眾會劫人，便下令把賴文光在揚州凌遲，時為1868年1月10日。
至此，東捻軍和賴文光一起，走到了盡頭。
下錄賴文光《自述》，以為參考：
嘗聞英雄易稱，忠良難為，亙古一理，豈今不然？唯予生長粵西，得伴我主天王聖駕，於道光庚戌年秋，倡義金田，定鼎金陵，今既十有八載矣。但其中軍國成敗，事機興亡形勢，予之學淺才疏，萬難盡述；唯有略書數語，以表予之衷腸耳。
憶予於太平天國壬子二年，始沐國恩，職司文務，任居朝班。於丙辰六年秋，軍國多故之際，正是君臣嘗膽之秋，是以棄文而就武，奉命出師江右招軍，以期後用。荷蒙主恩廣大，賞罰由予所出，遇事先行後奏，其任不唯不重矣。丁已［巳］七年秋，詔命回朝，以顧畿輔。戊午八年春，我主聖明，用臣不疑，且知予志向，命往江北，協同成天安陳玉成佐理戰守事宜，永固京都門戶。受命之下，兢業自矢，誠恐有負委命之重，安敢妄怨有司之不從？且雲忠言逆耳，良藥苦口，誠哉是言也。於辛酉十一年秋，安省失守，斯時予有諫議雲：當茲安省既失，務宜北連苗、張，以顧京左；須出奇兵，進取荊、襄之地，不半年間，兵多將廣之日，可圖恢復皖城，俾得京門鞏固，以為上策。奈英王等畏曾中堂如神明，視楚師如羆虎，是以英王不從予議，遂率師回廬，請命自守，復行奏請加封予為遵王，推［唯］命與扶、啟王等遠徵，廣招兵馬，早復皖省等情。此乃英王自取禍亡，累國之根也。又有忠王李秀成者，該不知機，遺［違］君命而妄攻上海，不唯上海攻之不克，且失外國和約之義，敗國記家，生死皆由此舉。
至辛酉年底，予偕扶、啟王等勉強遵照，由廬渡淮，那時予知有渡淮之日，終無轉淮之期。是以直進武關，越秦嶺，抵中原，出潼關，於壬戌十二年冬，由鄖陽而進漢中，一路滔滔，攻無不克，戰無不勝。於甲子十四年春，由漢中還師東徵，圖解京都重困。未果，以致京都失守，人心離散。其時江北所剩無所歸依者數萬，皆是蒙、亳之眾，其頭目任化邦、牛宏升、張宗禹、李蘊泰等，誓同生死，萬苦不辭，請予領帶，以期報效等情。此乃官兵好戮無仁之所致也。誠所謂不可行一不義，殺一不辜。如此思之，誠哉千古不易之良言也。予視此情狀，君辱國亡家散之後，不得已勉強從事，竭盡人臣之忱，而聽天命。
不覺獨立此間數載，戰無不捷。披霜踏雪，以期復國於指日。誰意李宮保者，足智多謀，兵精而將廣，且能仰體聖化，是以人人沾感仁風不已。予雖才微識淺，久知獨力難持，孤軍難立之勢，於丙寅十六年秋，特命梁王張宗禹、幼沃王張禹爵、懷王邱遠才等，前進甘、陝，連結回眾，以為犄角之勢。當茲大事至此，無乃天數有定，夫復何言！古之君子，國敗家亡，君辱臣死，大義昭然。今予軍心自散，實天敗於予，予何惜哉！唯死以報邦家，以全臣節焉。唯祈道臺吳兄大人鑒照，早速裁處是荷。
西捻軍方面，他們在1866年秋與賴文光等人分手後，年底已經進入華州、渭南一帶，與陝西、甘肅起事的回民相互呼應。1867年年初，他們在臨潼附近大敗清軍，打死打傷清軍數千人。
此後，西捻軍圍西安。圍攻不成，西捻軍與回民軍聯合攻殺，在乾州大戰清軍，卻反被對方嚴重殺傷。
連連受挫情況下，西捻軍戰略方面再次失誤，渡渭河而北，從而陷入了極大的被動局面。不久，刺蝟效應出現，捻軍與造反回民日久生隙，相互攻殺。雙方內耗下，他們的實力一步一步弱下去。
由於清朝大帥左宗棠自湖北追擊捻軍趕至陝西，在此一省的官軍人數已達四萬多人。由此，捻軍的下場基本可知。
其實，西捻軍一度還似乎出現過轉機。為