艾麗絲從上部的喪屍群中逃離，可是她卻依然逃不出這場惡夢。經過安布雷拉公司地下生化實驗室的改造，她被賦予了超人的力量速度和感知能力，現在她必須擔負起保護人類的工作，繼續開始與喪屍的戰鬥。
t病毒仍然在浣熊市內肆虐蔓延，那些感染病毒的喪屍也成為威脅整個人類的因素，必須在它們更加強大之前找到t病毒的來源和有效控制它的方法，以解決整個人類陷入基因突變的絕境。為了這個目的，同時也是為了找出和拯救浣熊市內可能倖存的同胞，艾麗絲和剛剛被保護傘公司拋棄的特種防衛隊隊員卡洛斯、s。t。a。r。s隊員吉爾以及佩頓、l。j。、尼克萊以及隊長卡洛斯組成調查組，再一次深入到浣熊市腹地。
除了面對喪屍大軍、變種怪物，他們遇到了更加強大的敵人，這個被稱為“追蹤者”的怪物是第一集中受傷的馬特在接受安布雷拉公司的“復仇女神計劃”之後變異而成，它被輸入了毀滅一切生物的指令，並且它還擁有強大的電磁炮和火箭彈擁有驚人的破壞力。而艾麗絲卻也是這個計劃的一部分，身為“追蹤者”的馬特和有超強能力的艾麗絲，在最後的對決中，馬特死了，而艾麗絲則乘坐直升機逃離了浣熊市。
故事最終，安布雷拉公司在逼不得已的情況下，開啟最終計劃“消毒”，“消毒”其實是使用核彈將整個城市毀滅。但是最終病毒並沒有完全消滅。
“緊接著上一集嗎？電腦顯示上一集的具體資料，我需要全面的資訊來提供參考。”
電腦在聽到希苼的指令後立刻將所有的關於“生化危機一”的資料再次顯示出來。
在安布雷拉公司（umbrellacorporation）的老巢——“蜂巢”（hive）的巨大地下遺傳研究中心時暗藏著某種可怕的事情，在這裡聚集著神秘的生物工程學家。一種致命的病毒爆發了，並快速地傳播著。“紅色女皇”一臺控制和監視著整個“蜂巢”的超級巨型計算機把整個中心都封閉了起來，甚至包括很小的漏洞，“殺死”了所有被困在裡邊的工作人員。
暫時失憶的艾麗斯在自己的浴室中醒來，先後遇到了matt與雷恩等人組成的特遣隊。特遣隊逮捕了matt，帶著他和alice進入“蜂巢”並關閉紅色女皇。然而，隊員們很快發現這些工作人員們並不是真正地死去了。他們現在已成為徘徊在“蜂巢”內貪婪的像殭屍一樣的活死人。人們一旦被他們咬一口或被他們抓傷就會受到感染，甚至立即變成他們一類的人。
艾麗斯和她的特遣隊有3個小時來完成他們的任務，否則這些殭屍們將氾濫成災，對整個地球構成威脅。其間，愛麗絲的記憶不斷閃回，事實的真相也不斷揭開。為了接近紅色女皇，小隊成員必須在這個象蜂巢一樣的迷宮裡，穿過一連串一個比一個恐怖的障礙。其中包括致命的鐳射、異型犬爪和一個巨大的樣品屋，在這個樣品屋裡艾麗斯見識到了安布雷拉公司導致這場危機的邪惡研究成果。艾麗斯也很快發現了這些殭屍是該公司的一項最新的研究方案變種t…病毒造成的結果。
t…病毒最初的設計方案是抗衰老、治療神經方面的疾病，它具有啟用死亡細胞的能力。艾麗斯意識到這肯定是一個神秘的破壞者偷走了這個病毒，並把它釋放到“蜂巢”的空氣中。這就是危機的爆發經過。
事實也確實如此，一名保安盜出t病毒，因為這種病毒在黑市上的價格，足以讓他奢侈享受一生一世，於是他藉著機會從研究室裡盜出了t病毒，並且還故意洩露出了t病毒，企圖殺人滅口，但是在他剛離開實驗室，整座實驗室的防禦系統就被啟動，於是他和電影女主角雙雙被吸入毒氣而昏迷，醒來後也暫時性的失去了記憶。
面對這個巨型計算機，雷恩假意請紅色女皇幫助他們。紅色