當然總督府的兵房，為火器局的直接上級部門。
總督府的兵房，已經不是簡單意義上的兵房，管理的事情很多，包括協調鄭家軍的事宜。
火器局內部的管理也是很簡單的，總負責人為湯若望，湯若望的副手為薄玉，兩人的分工也很明確，湯若望主要負責火器的研發等事宜，薄玉主要負責火器的製造等事宜，三百餘名工匠以及招徠的精通製造術的人員，悉數由薄玉負責調配。
督催御史趙單羽抽調到火器局，負責全面協調事宜。
趙單羽的職責非常明確，一是代表鄭勛睿全面管轄火器局，二是協調火器局之中的具體事宜，湯若望和薄玉等人，都是技術性的人才，他們的精力不能夠分散到火器局的管理事宜上面，故而這些協調的事宜，全部都是趙單羽來做。
再說火器局一旦開始了研發火器的事宜，必然會有很多的事情需要做，牽涉到的相關部門等等，有趙單羽出面協調，大家都是買帳的，這也讓火器局的日常運轉會很正常，不會受到任何的幹擾，儘管說徐望華也關心火器局的相關事宜，可徐望華的事情太多，不可能專門關心火器局的事宜，讓趙單羽出面具體協調，效率會高很多。
趙單羽必須要服從湯若望和薄玉的管理，根據湯若望和薄玉提出的要求做事情，這是因為火器的研發是精深的事情，外行決不能夠領導內行，只能夠為內行做好服務，而且是按照內行的要求來做好服務。
火器局一旦開始運作，需要大量的銀子支撐。
這是誰都明白的道理，火器研製一直都處於摸索的階段，不可能說某一次的試驗就能夠有成果出現，或許十次甚至更多次的失敗之後，才能夠有成功的希望，這個過程之中，消耗的銀兩是很多的，幾百年之後對武器研發的評價，就是燒錢，如今也是一樣。
可以說大明朝廷之中，除開鄭勛睿是真正明白這個道理，捨得投入銀子，其餘的任何人都捨不得投入大量的銀子進行火器研發的，就算是皇上都是如此，寧願從荷蘭以及葡萄牙等地方購進紅夷大炮，也不願意真正的開始研發威力更大的火炮。
鄭勛睿可不是這樣的任務，吸取他人的經驗是必須的，可更加重要的是自行研製，掌握了真正的核心技術，才能夠真正走在時代的前列，否則抄襲他人的成果，從長遠看是難以有什麼出息的。
鄭家軍在與後金韃子的數次戰鬥之中，獲取了大量的錢財，除掉必要的開銷，儲存的銀子總數接近三千萬兩白銀，也正是因為有了如此多的儲存，鄭勛睿才下定決心開始火器的研發，在火器局剛剛成立的時候，鄭錦宏直接撥付了一百萬兩白銀，作為先期的投入。
鄭勛睿的要求，令鄭錦宏都感覺到詫異，鄭勛睿要求火器局每月的開銷，保證在四十到五十萬兩白銀，特別是剛開始起步研製火器和火炮的時候，這樣的銀兩開銷必須要保證，這讓鄭錦宏吃驚，火器局的開銷，甚至超過了鄭家軍將士每月的開銷，要知道鄭家軍將士的總數，接近五萬人了，這裡麵包括楊賀在復州招募的一萬多的遼東漢人。
鄭錦宏認為，火器局如此的開銷，是難以承受的，也是不可能長期維持的。
鄭勛睿不在意，前面大量的投入，意味著後期大量的收入，只要真正掌握了犀利的火器，到時候就有了源源不斷的錢糧了。
當然這裡面的因果關係，鄭勛睿暫時不會說出來的。
火器局內部的任何事宜，都是保密的，包括每月的開銷用度等等，而且火器局平日裡也是低調的，不顯山不露水，默默的做事情，湯若望和薄玉等人，露面的機會也不是很多，他們的俸祿相當於鄭家軍的參將待遇，每月有一百二十兩白銀的俸祿，這是非常高的俸祿，放在任何地方都難以想像。
工匠的俸祿也進行了調整，