魔為尊。天尊天魔勢不兩立，最後天尊化身“滅邪玄網”，將天魔封印於九天穹蒼之外，不讓它有機會為禍眾生。而繼任為神道首領者，則是有造人補天之功的女媧。然而女媧為了從天外取來五彩晶石修補蒼天，卻不慎而被天魔魔氣入侵，誕生了“異魔”。由於神魔本為一體，所以女媧不死，異魔亦不滅。為免異魔為害蒼生，女媧毅然以天神兵天晶自盡，與異魔同歸於盡。神道首領之位，則留給了眾神中一位力量與智慧也是最出眾者繼任，稱為“玉帝”。
不久之後，先前受女媧之命下凡討伐大地眾妖魔蠻夷，化解怨戾殺氣的軒轅黃帝，終於擊敗了凶神蚩尤。功德圓滿，將可飛昇天界，接任眾神首領的地位。但炎帝卻心生不忿，於是闖入女媧煉石之地，以“九轉化乾坤”成功將自己命數改為帝皇之命，並且乘機向剛剛與蚩尤交戰完畢，已成傷疲之身的黃帝發動攻擊，要憑實力奪取那至高無上的地位。玉帝為防如此逆亂乾坤之事發生，於是及時出手，阻止炎帝。
玉帝本身力量，與炎帝亦只在伯仲之間。但炎帝有一股瘋狂狠勁以及不成皇不罷休的絕大決心，相鬥之下，玉帝逐漸不敵。眼見情勢危急，黃帝之女旱魃與其屬下應龍，不惜藉助千年溫玉與萬載陰石兩件寶物，煉血化骨，與之相互融合，捨身而化作神兵應龍與妖兵旱魃，將炎帝牢牢鎖困。玉帝則把握機會，以自己的佩兵玉帝劍向炎帝刺出致命一擊。炎帝敗亡，但卻認為玉帝只是乘人之危的卑鄙小人，由此生出無窮怨恨惡念，竟令玉帝手中神兵被蠶食侵蝕，化為妖兵。
玉帝劍可引用宇宙真氣，主宰滅亡與再生，掌控迴圈規律，是象徵萬神之首的至尊天神兵。但被妖化為炎帝劍之後，卻已經成為不祥之物。玉帝不欲此劍禍延眾生，又不忍毀劍，於是以應龍、旱魃加以封鎖，希望有朝一日能淨化妖氣，重新還原玉帝劍的無上天威。
經歷這番變故之後，黃帝終於也成功飛昇。玉帝認為黃帝有令混亂大地得到和平的大功績，於是謙虛退讓，將眾神領袖的地位讓出。黃帝成皇，是為天帝，更鑄造出一柄威能神通更勝玉帝劍的天帝之劍。作為自己隨身所佩神兵。但天帝塵緣未盡，於是在相隔千年以後，再度轉世投胎下凡，同時將天劍也一起帶走。以後經歷種種機緣巧合，天帝應劫而隕落，將天劍傳給了周武王姬發。姬發憑著天劍殺敗了被大天魔魔魂入侵的紂王，建立周朝，即位稱帝。從此，天劍就作為九五至尊的權威象徵，在人間不斷流傳下去。直到今時今日，仍是大隋天子楊堅片刻不肯離身的寶物。
至於玉帝劍，則另有一番際遇。當初封禁玉帝劍的地點，經歷滄海桑田，數千載後，成為了“天宗”的宗門禁地。十七年前，萬禪庵新一代傳人白雲神功初成，於是上天宗取回之前寄放的陰陽令。與此同時，九千歲初步成功將乾陽坤月兩功合一，感受到炎帝劍即將出世，於是也趕到天宗。再加上個武神通，三大高手當場爆發激戰。武神通因為分心應付白雲，被九千歲當胸刺了一劍，腦門更被陰陽令轟中。陰陽令逆轉時空的異能發動，竟然令炎帝藉助武神通之軀體重生，重新執掌炎帝劍，更屠殺了數以百計的天宗弟子。
炎帝既然重臨，自然就要完成前生未完的夙願，為皇稱帝，主宰天下。而最大障礙，就是天晶傳人。於是炎帝約定和天晶傳人在峨眉金頂作“蝕日之戰”。而為了對抗天神兵之首“天晶”的無窮威力，炎帝更決定以自己的赤晶神軀以及本命陽火神力，將炎（玉）帝劍重新鑄煉，終於蛻變誕生出一柄象徵“霸權”，威能神通不可思議的新生天神兵——神皇！
人有人的命格，兵器也有兵器的命格。若論命格之尊貴，天下神兵便以天劍為首，其次則是從玉帝劍蛻變而來的神皇。黃帝飛昇之前所掌握的神兵“太虛”可列第三。天晶與虎魄兩大神兵，論威力可以凌駕其上，但一者主仁