趙禹能夠出手救回義父。
與此同時，一直沒有出手營救六派人士的少林竟與朱元璋合謀，刺殺劉福通，朱元璋成功掌握了河南紅巾軍。而徐壽輝也引狼入室，接納了陳友諒，被陳友諒篡奪了軍權。兩方兵合一處，進犯應天。一時間，應天四面楚歌，形勢危在旦夕。
趙禹故意放縱朱元璋大軍殺到應天城下，與此同時，早在西域時他安排在陳友諒身邊的五行旗秘營成員此時早已經掌握了陳友諒軍中大權，大軍經過鄱陽湖後，殺掉陳友諒，馳援應天。內外合擊，徹底擊潰了朱元璋大軍，而朱元璋也死在了亂軍之中。
憑此兵威，趙禹率領大軍兵犯蘇州，而方國珍也徹底投靠了趙禹。張士誠力不能敵，自縛出城投降，原本正在籌劃的屠獅大會也不了了之。謝遜成功被解救出來，而屠龍刀卻下落不明。各派武林人士仍然不肯順服，滅絕師太當眾宣佈了刀劍之中的秘密，於是各派人士紛紛出海，尋找屠龍刀的下落，寄望以此來打敗魔君。
平定江南之後，趙禹命徐達常遇春興兵北伐，而此時元廷大軍仍陷入混戰之中，根本無力抵抗。北伐大軍勢如破竹，一路殺入大都城中，傳承百年的大元國祚就此覆滅！
元帝等一干蒙古貴人們倉皇逃亡上都，徐達常遇春北伐大軍一路追擊。而在將近上都時，常遇春舊疾復發，姓命危在旦夕，趙禹攜醫仙胡青牛奔赴上都，救下常遇春，同時擒獲未及逃遠的元帝，將之押回應天。
是年，趙禹正式在應天登基為帝，國號大明。於此同時，王保保擁戴元廷太子登基為帝，重建大元，一路往西而去。
新朝第二年，失蹤數年之久的殷野王等人終於回到中土，並且帶來一個震驚世人的訊息。他們漂泊海外，一路往東行去，竟然發現一片豐饒廣袤的土地。那片土地地廣人稀，無比肥沃，同時生長著無數在中土不曾出現的物種。塊莖肥大的番薯，顆粒**、形如珍珠黃玉的蕃米……
這個訊息令新朝上下震盪無比，趙禹更是親自參與到進賢院對於新物種的研究中。為了更清晰瞭解那塊新土地，趙禹命令殷野王等人將自己一路行進路程詳細記錄下來，刊行天下，鼓勵民間前去探索。對於財富土地的渴望，整個新朝掀起了遠航的熱潮，然而由於路程著實太過遙遠，茫茫大海中天災＇***＇不斷，無數人葬身在海洋中，然而也有一些運氣好到了極點的人終於到達海洋的彼岸，那塊富饒無比的廣闊大陸，並且收集那些罕見物種，返回中土，獲得驚人的封賞厚賜！
新的物種研發進度喜人，許多農作物已經成功在中土種植下來。而這其中，尤以元朝廢帝這位魯班天子的研究最為驚人。他竟藉助新大陸帶回的一種樹膠設計出不須人力划動，只憑借沸水熱氣推動便能自動行駛的龍舟！
元帝將此奇物進獻朝廷，趙禹大喜過望，冊封元帝為王，準其世代傳承，非謀國之逆不得廢除。有此榜樣，整個大明新朝掀起格物致知的狂熱浪潮！
正當一切欣欣向榮時，陰霾卻在漸漸逼近。新大陸的據點上突然出現紅面板土著人，那些人驍勇善戰，甫一接觸便給了大明子民迎頭痛擊，損失慘重，只有一些身負武功之輩存活下來，並且將訊息傳遞回來。趙禹大怒，欲要興兵討伐卻被群臣勸阻，無奈下只能號召民間江湖人士前往新大陸。為了緩和正道武林與新朝的矛盾，張三丰百歲高齡自告奮勇，率領一干武林高手出海遠洋。趙禹親自送行，並冊封張三丰為護國法師，許武當派世代傳承。
隨著往來中土與新大陸的人越來越多，江南卻突然爆發瘟疫，無數人因此身亡。趙禹緊急召集天下名醫商討救治之法，終於在五毒教藍教主和醫仙胡青牛的幫助下，尋找到醫治惡疾的良策，將瘟疫完全清除。
大明開國二十一年，明皇趙禹壯年駕崩，太子趙方即位為帝。新朝