心嚮往之，卻僅是“胚胎”而已，瀕死的舊文化、舊心態雖已成“遺骸”，卻依然寄生於彼。他是清醒的，但清醒反而帶來了可怕，那種清醒地看著自己“墮落”的可怕。他意識到教唆自己“墮落”的文化傳統中那些蠹蟲的作祟，在一篇題為《國人之公毒》的文章中，他明白地揭露了中國傳統對個性自由和人格獨立的戕害：
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黃遠生：懺悔中的精神昇華（4）
以中國之社會制度言之，無復個性之存在，大抵人之一身，為其祖父之奴隸（奴隸與孝義不同），為其家族之奴隸，為其親黨之奴隸，為其同鄉人之奴隸。其柔懦者，則拘攣束縛，安於鄉愿；其桀黠者，則恣睢暴戾，犧牲一切，並其人生應盡義務而不盡。張公百忍，千古傳為美談。忍！忍！忍！一切皆忍，是可名為忍的籠統主義。
作為一個身受其害的清醒的“墮落者”，遠生的這段分析可謂入木三分，擊中要害。中國傳統社會中的宗法主義、家族主義不正是培植知識分子依附人格的沃壤麼？中國文化心理中貶斥個人、群體至上的價值觀念以及相忍以為善、克己以為德的倫理意識不正是阻礙近代獨立人格崛起的隱性屏障麼？令人遺憾的是，黃遠生意識到自己思想中的黑暗，但他卻無力驅散這黑暗；他嚮往人格的光明，渴慕自我的新生，但卻眼睜睜地看著社會的黑幕和內心的蠹蟲吞噬著自己的靈魂；他鄙視傳統的自我，卻又缺乏一個嶄新的自我足資自信，於是“赤手空拳，無一物可把持”，痛苦地躑躅在光明與黑暗、新生與僵死的交替之中。
這，不僅僅是黃遠生個人的悲劇所在，也是那個新舊交替時代知識分子的悲劇所在。
“靈魂的拷問”與人格的昇華
儘管他的命運充滿著挫折，他的內心浸透著苦痛，但遠生終究沒有沉淪。究竟是一種什麼樣的信念支撐著這個對自我極度失望的不幸者，他深沉地說：
以新發生之現象，不如吾人理想中之現象故也。……此失望之新現象，固至可寶貴，因此失望，而吾人良心，自發生一種新現象，其將來之結果，正無窮也。……吾敢斷言，最後之光輝，必燦爛而無極，以前之罪惡及錯誤，皆為吾曹此後懺悔及進步之最可寶貴之材料。（《消極之悲觀》）
故而，他的《懺悔錄》消極而不悲觀，失望而不絕望。他將靈魂的懺悔作為自己新生的洗禮，作為人格超升的支點。在沉痛的反省之後，他決意不再為“政治界之一寄生蟲”，立志做“純粹潔白自食其力之一種精神上之工人”（《遊美隨紀·第一信》），“提倡獨立自尊，提倡神聖職業，提倡人格主義……吾之懺悔，此物此志而已”。莊嚴的懺悔使懺悔者的心靈得到了洗滌，得到了拯救，從而得以淨化和昇華。他超越了他自己。僅就這點而言，黃遠生懺悔的意義就遠非尋常。
懺悔不是中國文化的土產，而是西方文化的舶來品。它淵源自基督教的原罪意識。所謂原罪，並非罪人之罪，而是指此時此刻所存在的自我形象在現實塵世中發生了異化（“非我”），與上帝原本設計的自我理想（“本我”）有了疏離感，需要透過靈魂的懺悔和肉體的折磨以消除現實中的異化，實現向“本我”的迴歸。儘管當代西方人的宗教觀念在科學理性的衝擊下日趨淡薄，然而基督教那種在靈魂與肉體的對立衝突中，在靈魂深層的撞擊震盪中尋求贖罪的超越精神，依然是當代西方文化的基本元素之一，也深深地滲透於西方知識分子的心態結構。西方知識分子不論其是否是基督徒，對現實人生往往持相當嚴峻的態度，他們十分強調自我的良心，強調個體的道德責任，時常進行嚴肅的懺悔。懺悔是為打破那種平庸而麻木的心理和諧，在靈魂的震撼騷亂中否定故我，以獲得人格超升的精神源泉。懺悔對他們來說並非是自我寬恕、自我解脫的廉價良方，而是自我