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雖然自己石柱土司在平定奢安叛亂中立下不小的功勳，但到底是整個四川地區最有實力的土司，麾下白桿兵也是唯一一支可以威脅四川地方朝廷政權的軍事力量，而石柱又處在重鎮重慶附近，東可進湖廣威逼宜昌，鎖夔州天險，西可攻成都，挾天府之富，擴兵百萬，割據一方。
拋卻自己石柱土司因到底是熟番（漢化程度較深）多年以來一直奉朝廷之命是從，從歷代歷史故事中可以知道，作為一個有志獨掌天下的皇帝，是很難容忍自己石柱土司這樣一個有一定軍事實力的半獨立政權存在的，而且還是大明的腹地，不必朝鮮。
連吳襄和吳三桂父子也落得個凌遲處死的下場，自己若是受了這個侯爵之位，雖有微薄之功，只怕也會被陛下看成自己有進一步提升政治地位的野心，而開始對自己石柱土司心存芥蒂。
所以，秦良玉是萬萬不敢接受此侯爵之位的，她寧願現在讓朱由校感到不悅，也不願意日後落得個身敗名裂的下場。
朱由校倒是不知道秦良玉想到這麼多，他知道西南一帶土知府土知縣甚多，這些半獨立的寨子時降時叛，又身處深山之中，即便剿滅一不過數千人的叛亂，朝廷都會付出很大的財政代價，萬曆時期的楊應龍叛亂就是個例子。
如今大明四海皆平，國威彰顯於南北，除西邊之歐羅馬諸國未予以震懾外，在整個亞洲，已無可威脅大明之任何力量，朱由校也就有時期好好理一理這西南的事。
縱觀整個大明兩百多年曆史，西南諸省發生之叛亂幾乎每朝每代都有，雖不至於影響中央統治根基，但也有很有幾次叛亂直接影響了大明整個國勢，如正統時期的思任發和思倫發之變耗費了大明大量錢財，為後來土木堡之變也埋下了基礎。
嘉靖年間的古田僮族韋銀豹、黃朝猛之亂也給後來平定倭亂和抗擊北方俺答造成了很大的財政壓力。
朱由校不想日後繼續將大明大量的財政收入耗費在這無休無止的土司之亂上面，便想著一勞永逸地將這些土司都直接推平，而在這個過程中，石柱土司無疑會扮演者很重要的角色，朱由校並不是懼怕石柱土司的軍事實力，以現在大明朝廷軍隊的立體軍事作戰實力，在整個世界已無可戰敗大明軍隊之敵，因為無論是作戰思想還是裝備已經不是一個量級。
但朱由校不得不考慮石柱土司支援自己與叛變自己所帶來的改土歸流上的成本多與少，如果石柱土司站在朝廷這邊，朝廷可以利用石柱土司卻平定其他叛亂的土司至少可以讓那些土司明白，連石柱土司都乖乖遵從朝廷改土歸流之策，更何況其他胳膊遠遠沒有石柱土司胳膊粗的土司們，也敢對抗朝廷？
另外就是，石柱土司的白桿兵擅長的就是叢林作戰，後勤成本比較小，一旦有土司叛亂，用石柱土司的白桿兵在未來去平定一些頑固土司的叛變既可以削弱石柱國的實力也可以減少軍事支出。
畢竟出動一營白桿兵和一營大明陸軍的代價是不一樣的，而以白桿兵對付這些土司兵也是綽綽有餘，犯不著要用大炮卻攻打還用竹子做武器的軍隊，而且有時候效果還並沒有用白桿兵或者狼兵好。
這也是朱由校要封秦良玉為侯且世襲罔替的原因之一，既然以後要用石柱土司的白桿兵為自己的西南改土歸來事業做貢獻，區區侯爵，他並不會吝嗇而捨不得開，而且對於石柱土司在歷史上的表現他也是信得過的，原本歷史上，這支土司白桿兵是屢次阻止張獻忠入川的唯一力量。
朱由校的如意算盤就是以封秦良玉為侯爵為訊號安撫住因改土歸流而躁動不