府州縣衙門所有的官吏。幾乎都投入到救濟災民和流民的事宜之中，一部分人對災民和流民進行鑑別，凡屬於赤貧的農戶，官府負責接濟，而那些鄉間的富戶，則要掏腰包購買糧食，這樣的鑑別非常的嚴格，村鎮的里正悉數都要參與，若是有人企圖矇混過關，一樣會遭受到懲戒。甚至是關進大牢之中。
洪水退去之後，很多地方都需要勞力來恢復，官府於是組織流民和災民回到家鄉去。參與到救災的事宜之中，由官府拿出來糧食，就在當地實施救濟，而且糧食的救濟和發放，也不會採取平均主義，根據個人的勞動能力來計算，青壯能夠得到的糧食自然是多一些。
正是採取了這樣的措施，蘇州、松江、常州和鎮江等地，迅速平穩下來。流民和災民源源不斷的回到家鄉去了，俗話說得好。故土難離，洪水已經退去了。回到家鄉去救災，重新建起來房屋，到田間去搶收一些尚未完全損失的糧食，至少是生活的保障，加之官府提供了糧食，依靠著自身的勞動，能夠得到更多的糧食，將多餘的糧食存起來，日後的生活就有保證了，也就能夠度過難關了。
老百姓的確是淳樸的，官府及時的救濟，讓他們感恩戴德，做事情也是非常的賣力，沒有一個人偷懶的，這讓救災的事宜進行的非常順利，半個月的時間過去，不少地方已經開始重新修建房屋了，田間地頭山間的窩棚數量逐漸的減少。
當然實施這樣的救濟，需要拿出來足夠的糧食，還有部分的錢財。
南京能夠保證蘇州、松江、鎮江和常州等地救濟需要的糧食和錢財。
當然在救災的過程之中，洪門也跟隨參與救濟，不過他們主要的任務，還是要求商賈領取經營許可證，繳納保護費，就在各級官府嚴懲屯聚居奇的商賈的時候，洪門也跟著懲戒那些不願意領取經營許可證的商賈，洪門的理由很簡單，救濟災民和流民需要糧食，需要銀子，官府要求洪門參與到救濟之中，那麼洪門就要求諸多的商賈拿出來糧食和銀子了，這樣的理由讓商賈無法反對。
南直隸的商貿是發達的，不過商賈絕大部分都集中在府城、州城和縣城，散落在村鎮的很少，這也讓洪門發放經營許可證的事情順利很多。
其實南直隸各級官府都知道洪門的背景，諸多的商賈也知道，如此的情形之下，不給洪門繳納保護費，恐怕日後不要想著能夠做生意了。
南京是洪門的重點。
六部和都察院的官吏，都知道此次救濟的錢糧，都是鄭家軍貼出來的，這可不是幾百石、幾千石或者是幾萬石的糧食，動輒就是幾十萬石甚至是百萬石的糧食，拿出來可不簡單。
洪門就以這個為藉口，開始在南京城內發放經營許可證，要求商賈繳納保護費。
南京城內的商賈，數量龐大，僅僅是青樓、酒樓和客棧等等，數量就不少，更不用說那些從事糧食、鹽鐵、布匹等買賣的商賈了。
洪門的這一手，在南京城內引發了很大的震動。
抵制的商賈不少，不過洪門的態度也非常的強硬，必須要領取經營許可證，繳納一定數量的保護費，否則就不要想著在南京做生意了。
五月底六月初，衝突終於爆發。
首先是南京兵馬司出面，他們知道洪門的背景，故而只是進行勸阻，他們的勸阻當然沒有作用，洪門我行我素，凡是不願意繳納保護費的商賈，一律不準在南京城內做生意。
六月初，南京京營的軍士出面了。
就在諸多的商賈以為洪門要退卻的時候，讓他們意想不到的事情發生了。
鄭家軍突然出動，包圍了南京京營。
南京京營的總兵賀人龍，與鄭家軍的副總兵劉澤清兩人直接對峙。
看見烏黑的紅夷大炮、弗朗機對準軍