尤不喜女色，以受孝欽（即慈禧太后）之脅制，幽囚宮禁。類於漢之惠帝，唐之盧陵王，蓋道李監蓮英讒詬也。蓮英之有妹貌甚美，性尤慧黔，通籍禁圍，能得孝欽歡，以大姑娘稱之。每進膳，必今侍食，且賜坐。孝欽六旬萬壽，蓮英妹列坐聽戲，孝欽妹醇邸側福晉（即光緒的親生母親，慈禧的親妹妹）知之，託疾不入賀，孝欽促之，福晉不得已入座，見蓮英之妹驕踞，仍稱疾避席，文學士廷式有詩紀此事。由是蓮英得妹助，與王公通聲威，氣焰逼人，朝士屏息。蓮英初進其妹本欲效李延年故事，德宗燭其奸，益疏蓮英。蓮英慧甚，於孝欽前短德宗，而兩宮之嫌隙成矣。
這一段記述李蓮英欲將妹子選為光緒的妃臏，為光緒所阻，所以在慈禧面前說光緒的壞話，因此慈禧與光緒才有了嫌隙。李蓮英圖謀不成，心中又不滿，在慈禧那兒發點牢騷，應該是可信的，但說他的壞話造成了慈禧與光緒的嫌隙則明顯誇大了李蓮英的作用。應該說，是因為慈禧光緒間本來就有嫌隙，李蓮英才敢在慈禧那兒發牢騷，說光緒的壞話。光緒如果是慈禧的親兒子，母子之間感情融洽，借李蓮英個膽子，他也不敢隨便就說光緒的壞話。
光緒親政之後，李蓮英曾透過慈禧為人求官，大部分都被光緒以各種理由卡住了。而兩人衝撞最激烈的一次，是在光緒剛剛親政的時候。當時要給慈禧做六十大壽，光緒領著大臣們在習藝所練習禮儀，大家都按時來練習，唯獨李蓮英遲到，光緒大怒，就命打李蓮英，廳杖四十。這件事《戊壬錄》中是這樣記載的：
第五章 李蓮英的嫌疑（3）
適是年祝西后六旬壽，須預習禮儀，載湉（光緒皇帝名叫載湉）與朝臣具在習藝所，李蓮英獨過三時值之久，始至。禮畢，載湉命廳杖李蓮英四十。李蓮英本為西后所壁，因泣訴西后，西后聞之，怒甚。嗣後李蓮英又屢以讒言進，謂載湉有怨望心，於是西后有廢光緒之意矣。
此後光緒還打過李蓮英一次，那是在光緒準備變法的初始，慈禧派李蓮英偷偷竊聽光緒在朝堂上和大臣們說什麼，李蓮英悄悄在殿後竊聽，哪知散朝後光緒走後門而出，李蓮英躲避不及，和光緒帝撞了個滿懷，光緒知他是來竊聽，惱怒下抬手就打了他一巴掌。這件事引起了慈禧的大怒，光緒也後悔自己魯莽，跪下向慈禧請罪，慈禧怒氣不解，珍妃趕來為光緒求情，慈禧就打了珍妃兩個嘴巴子。後來慈禧任光緒跪著，到吃飯時也不要他起來。還是李蓮英替光緒求情，這件事才算瞭解。
可以看出來，在光緒與李蓮英的矛盾中，光緒是占主導地位的，光緒可以抬手直接就教訓李蓮英，李蓮英既不能還手，更不能還口，他能做的，只是向慈禧哭訴，進幾句讒言而已。透過各種記載的重重迷霧，透過各種偏見，可以想象李蓮英夾在慈禧與光緒的矛盾之中，處境並不是那麼好，其中有很多不得已和無奈，甚至可以說有點兒心酸。當然，這是指光緒親政掌權的那一段短暫的時間，很快光緒就被幽禁起來了，而且，監管的太監就是李蓮英。這時，矛盾雙方的主導性發生了一點微妙的變化。
三． 光緒與李蓮英的和解
李蓮英對光緒的不滿甚至怨恨，都應該有，盼望慈禧奪了光緒的權柄，想來也是情理中事。《李府見聞》記載在光緒的變法的緊要關頭，和慈禧在一些具體問題上有摩擦，李蓮英遂煽風點火，對慈禧說：“自古明君，皆以孝治天下，今皇上竟違迕慈意，何以上對祖宗，下對臣民，不如早為之耳。”
幾次欲廢黜光緒卻未能如願，或許是無法廢黜的現實讓李蓮英害怕，或許是李蓮英本來就一直試圖討好光緒，只不過之前光緒是掌權的君主，他想討好也