議和的事情乃是絕密，朱由檢交給陳新甲辦理。
也就在這個時候，皇太極派遣的使者將信函送到了山海關，其中明確提出了議和的事宜。
皇太極開出的條件是一千萬兩白銀，以及開通遼西的互市，允許商賈交易，允許大清國百姓與大明朝廷交易。
這份信函迅速被送給了陳新甲。
陳新甲喜出望外，他想不到皇太極會在這個時候提出來議和，只是皇太極提出的一千萬兩白銀的賠償，數額太高了一些，朝廷根本就拿不出來，想想也是，朝廷若是有一千萬兩的白銀，那就可以組織大軍繼續在遼西廝殺了。
但陳新甲不願意放棄這個機會，苦思苦想之後，他提出了一個折中的方案，大明朝廷答應賠償，但要分年度給付，不可能一次性的賠償一千萬兩白銀。
陳新甲手書的信函，被秘密送到了寧遠城池。
此時皇太極早就回到瀋陽去了，暫時駐守在寧遠城池的是饒餘貝勒阿巴泰。
看到了陳新甲的信函，阿巴泰很是氣憤，本想著一口回絕的，不過想想皇太極的囑託，他還是忍下了這口氣，迅速將信函送到瀋陽去了。
半個月之後，皇太極的聖旨抵達了寧遠，同意大明朝廷提出來的條件，一千萬兩白銀分三年付清，第一年三百萬兩，第二年三百萬兩，第三年四百萬兩，在開通遼西互市的事情方面，沒有什麼可以商量的，必須要辦到。
遼西暫時平定下來，秘密的談判一直都在進行。
這就苦了陳新甲，身為兵部尚書，既要考慮到與後金的談判，又要考慮到李自成和張獻忠兩路流寇，可謂是焦頭爛額，偏偏他與內閣首輔錢士升的關係一般，錢士升也好像看熱鬧一般，不幫忙出主意，也不過問。
可能是因為太忙了，陳新甲將與後金商談的最後文書，放在了家中的書房桌上，管家疏忽，沒有及時收起來，結果被前來拜訪的內閣首輔錢士升看見了。
這一下子掀起了軒然大波。
後金韃子是大明朝廷最大的敵人，身為內閣次輔、兵部尚書的陳新甲，不想著如何打敗後金韃子，收復失去的土地，反而想著與後金韃子媾和，這簡直就是出賣大明朝廷，上對不起皇上和祖宗，下對不起億兆的百姓。
此事隨即在朝中產生了巨大的爭論，陳新甲自持有皇上撐腰，還自我辯解，殊不知這個時候皇上也不會公開為他撐腰了。
陳新甲很快被投入到大牢之中，與後金議和之事不了了之。
更大的打擊隨即而來，遼西之戰結束之後，皇上和朝廷以為太子太保、兵部尚書、薊遼總督洪承疇已經戰死，敕封其為太保，以表彰其誓死抵禦後金韃子的事跡，想不到遼西方面很快傳來訊息，洪承疇和祖大壽等人被後金韃子生擒，已經於五月投降後金了。
盛怒之下的皇上，撤銷了洪承疇的所有封號，將其貶為庶人。
這個訊息猶豫寒潮，影響到了朝廷上下的心境。
錢士升等人借著這個潮流，要求皇上處死與後金勾結的陳新甲。
朝中還是有有識之士，一些人私下裡提出來了，認為陳新甲與後金議和，也是為了能夠穩住遼西的局面，讓朝廷能夠休養生息，可惜這樣的意見，早就被憤怒的情緒淹沒了。
獄中的陳新甲，得知洪承疇投降後金的訊息，面如死灰，他知道自己的死期恐怕也要到了，為了能夠活命，陳新甲吩咐家人上下打點，為的就是能夠讓皇上和朝廷放過他，之前的硬氣此刻也不存在了。
可惜陳新甲的所有努力都成為了無用功。
自知死期已到的陳新甲，終於絕望了，他在獄中寫下了信函，秘密交給了家人，得到大量銀子的獄卒，睜一眼閉一眼，沒有去過問，至於說這份信函究竟是給誰的