，康熙帝以“河工大成”，十分高興地籌劃了善後之規。
不料幾個月後，河工又出了問題。當年七月，黃、淮又發生了多年未有的暴漲，造成古溝塘、韓家莊、清水溝幾處堤岸沖決，發生水災。康熙帝聞訊十分生氣，立即降旨：“今春朕欲親視高家堰，張鵬翮奏稱堤岸工程俱完，又時當炎暑蚊虻正起，求停止親閱，懇奏再四。朕以高家堰關係甚大，親往閱視，見石堤尚有未完之處，所下之埽，已經二三年者朽爛亦多，將此情形一一指示張鵬翮及河工諸臣。朕又諭張鵬翮，大水時發，難以預料，爾務須晝夜防護。至分守堤工人員委用不當，朕亦諭及。今古溝、唐埂、清水溝、韓家莊四處堤岸沖決，河工將有復壞之事。大小河員惟知清水暢流為己功，不知高家堰之壩水洩太多，則清水力微，黃水必倒灌也。”［41］康熙帝命大臣速議具奏。七月三十日，九卿等遵旨議復，處張鵬翮革職留任。
由於這次沖決，康熙帝命兩江總督阿山、漕運總督桑額和張鵬翮等共同詳議漕運與民田兩利的修治方案。次年正月，阿山等提出了創興溜淮套方案，其主要內容是自泗州開河築堤，引淮水至高家堰，入張裕口，再出清口。由於創興溜淮套工程所需約銀一百八十八萬兩，九卿認為河工事關重大，需餉浩繁，工程情形尤難詳晰，非皇上親閱指示，實難成功。共同叩請皇上親臨河上，指授方略。康熙帝認為他數次南巡，瀕河官民不無勞擾，加之年已漸增，憚於臨幸，不允親往。但康熙帝對溜淮套工程並不放心，以為此等大型工程，若有閃失，勞民傷財，後果亦不堪設想。經大學士等再三懇請，康熙帝最後還是決定再次南巡。
康熙四十六年（1707年）正月二十二日，康熙帝啟程離京。二月二十日，康熙帝由清口上岸，詳細視察了溜淮套的地勢。當天，康熙帝召集扈從文武、地方大小官員、河道總督及河工官員於行宮門前，嚴厲斥責張鵬翮不留心河工。對於溜淮套工程，康熙帝對諸臣說：“前阿山等查勘泗州水勢，奏稱溜淮套地方另開一河出張福口，可以分洩淮水，免洪澤湖並漲，保高家堰之危險。繪圖進呈，請朕親閱。昨日閱武家墩，朕尚謂果如阿山等所奏溜淮套可以開成。今日乘騎從清口至曹家廟地方詳看，地勢甚高，雖開鑿成河，亦不能直達清口，與伊等進呈圖樣迥乎不同。且所立標杆多有在墳上者，不獨壞民田廬，甚至毀壞民墳冢。……數年來，兩河平靜，民生安樂，何必多此一事？”［42］康熙帝還指出：“明代淮黃與今時迥別。明代黃水勢強，淮水勢弱，故有倒灌之患。朕自甲子年南巡，閱視兩河形勢，記憶甚明。漸次修治，今則淮強黃弱矣。善後之策，尤宜亟講。與其開溜淮套無益之河，不若將洪澤湖出水之處，再行挑浚，令其寬深，使清水愈加暢流。至蔣家壩、天然壩一帶舊有河形，宜更加挑浚，使通運料小河，俾商民船隻皆可通行，即漕船亦可挽運，為利不淺矣。”［43］康熙下諭立停溜河套工程，經反覆察視、研究，命挑浚洪澤湖出水口，加寬加深，使清水暢流，以達溜河套工程之效。［44］二十一日，康熙帝命自曹家廟回清口，將沿途所立標杆盡行撤去，百姓歡呼雀躍。康熙帝到清口登舟迴鑾。
這次南巡，康熙帝對河工善後處理完畢。四月二十二日，返回京師暢春園。
康熙四十五年（1706年），康熙帝命移建王家營減水壩，四十九年（1710年）建惠濟越閘，五十一年（1712年）諭建卞莊挑水壩，五十八年（1719年）開王家營東引河，分漕北趨，以保南岸老壩、車路險工，於是治法大備。［45］
康熙帝以民為本，實心求治，他親臨河工，指授方略，經過幾十年的治理，兩河安寧，漕運無阻，人民安居樂業，這對當時社會的安定和繁榮起到了促進作用。康熙帝一生南巡凡六次，往返供儀，悉發內帑，還曾要求“