首先遇到的是蒙哥馬利將軍的重重阻撓。早在制訂西西里作戰計劃時，蒙哥馬利就施展種種手段，迫使盟軍司令部推翻了&ldo;赫斯基8 號&rdo;方案。根據他的計劃，美軍登陸點應由巴勒莫轉至距英軍登陸點不遠的西南方面，其任務只是保護英軍的側翼。在蒙哥馬利的強烈要求下，艾森豪，亞歷山大等人最終接受了他的新計劃。
巴頓是懷著極不愉快的心情執行強加給他的作戰計劃的，但他仍然盡職盡責，全力以赴，開戰後不久就開啟了局面。但正當他的部隊沿著預定路線勝利進軍時，蒙哥馬利又給他出了一個更大的難題：他擅自於7 月13 日將部隊開進美軍的行進道路‐‐124 號公路。這是一個嚴重違反作戰計劃的行動，嚴重幹擾了美軍的推進，給盟軍作戰帶來混亂。對此，巴頓非常憤怒，但他剋制住了自己，仍以大局為重，並希望把進攻方向轉向西線，攻佔巴勒莫。但亞歷山大卻發來指示，明確規定他的任務僅僅是保護英軍的側翼和後方。這等於死死地束縛了巴頓的手腳，不讓他越雷他一步。對此，巴頓的反應是強烈的，在他的一再要求下，亞歷山大才有條件地同意他轉向西線。可以說，在通向巴勒莫的道路上，巴頓遇到了重重障礙，而這些阻力大部分來自盟軍內部，這使巴頓感到十分痛苦，心力交瘁。
還有一個問題曾使巴頓大力惱火，憤憤不已。在西西里戰役中，盟國空軍第一次大規模直接支援地面作戰，但由於缺乏實戰經驗和指揮上的夫誤，空中行動屢遭挫折。如前所述，7 月9 日夜間，空降部隊進行的第一次行動以失敗而告終，空降部隊大部分沒有抵達目的地。事隔兩天，悲劇又一次重演，空降行動再次慘敗，23 架飛機墜毀，損失近400 人。盟國空軍的行動不僅沒有達到預期效果，未能給地面部隊提供必要的空中支援，反而多次發生誤炸地面部隊的事故，巴頓的部隊曾多次遭到己方飛機的轟炸，造成了重大損失，巴頓本人也差一點險遭不測。這真是雪上加霜。巴頓氣憤他說：&ldo;我倒是要問一問這些空軍老爺，他們的立場究竟站在哪一邊。&rdo;
巴頓攻克巴勒莫之後，8 月初揮師東向，進軍墨西拿。在這裡，巴頓部隊陷入了空前的困境。西西里北部沿海地區山石林立，地形複雜，德軍裝甲部隊憑藉豐富的經驗和有利的地形，進行了拼死的抵抗。巴頓部隊每前進一步都要付出極大的代價，部隊大量減員，進展十分緩慢。碰巧，此時又發生了多起盟國空軍誤擊美軍地面部隊的事故，巴頓的司令部也受到空襲的威脅。就在此時，巴頓發現了一個更令他不安的情況，許多顯然沒有受傷的人被大批運送到後方醫院，並且有增無減。這種情況在第1 裝甲師最為明顯。從戰鬥記錄來看，第1 師是巴頓最信任的一支部隊，作戰勇猛，敢打敢沖，屢建戰功。該師師長艾倫是一員有膽有識的虎將，一向受到巴頓的倚重。但他脾氣暴躁，待人傲慢，常常好自作主張。副師長羅斯福是富蘭克林&iddot;羅斯福總統的兒子，他平易近人和富有人情味的作風深得士兵們的崇敬，也是一個個性很強的軍人。兩個人之間產生了糾葛，並各有一幫支持者。在他們的溺愛和袒護下，該部隊居功自傲，目無法紀，蔑視其它部隊，並產生出一種自憐情緒，許多人不斷跑醫院，蹲病房。他們的行為在全軍造成了極惡劣的影響，使巴頓不得不分心去處理這一問題。最後，巴頓打算忍痛割愛，將他們兩人同時解職。
以上一系列問題已經鬧得巴頓心煩意亂了，而英國bbc 廣播電臺的無中生有更使他怒火中燒。英國的廣播充滿了狹隘的民族主義情緒，他們無事生非，大肆宣揚：在西西里島，英國官兵正在浴血奮戰，承擔了大部分戰鬥，而美軍卻躲在巴勒莫豪華的王宮裡，&ldo;一邊喝葡萄酒，一邊洗海水澡&rdo