東京西部佔據並佔有琦玉縣和神奈川縣一部分的圓形城市，這裡居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市。分為23個學區。和外部隔離，擁有領先世界20~30年以上的最尖端科技。“超能力開發”被列為學校課程的一部分，所有學生都接受超能力開發。
夜晚的學園都市並不像其他的大都市一樣熱鬧，在這個以學生為主的大城市裡，門禁時間已經過了還在街上游蕩的學生絕不多見，因此學園都市的夜晚顯得不是很有活力。
冷清的街道上，一個白髮、身形消瘦的少年在緩慢的走著，少年身上穿著印有白色條紋的黑色的T恤，血紅色的雙眼使得沒什麼表情的少年看起來有些猙獰，
（話說今天的實驗是在哪裡來著？…算了，反正那些劣質品肯定能找得到我就是了。）
少年想著這些沒什麼營養的事情，完全沒有注意到自己什麼時候已經走進了一條小巷，得到他回過神的時候，發現面前站著一位有著茶色齊肩發的少女，少女穿著學園都市五大名校之一的常盤臺中學的校服，校服的右下側彆著一枚印有奇怪青蛙影象的徽章，額頭戴著一個軍用護目鏡，纖細的身體揹著一個黑色吉他箱，當然少年知道那裡面裝的並不是什麼樂器，而是武器。
（哦，來了呢，這個是今天最後一個了吧。）
少年露出一種可以稱之為獰笑的表情看著面前的少女，雖然面前的少女相比自己之前遇到的那些多出一枚徽章，不過少年完全沒有注意，或者應該說是沒有在意，對於少年來說，面前的少女就和路邊的螞蟻一樣，是那種隨隨便便就可以踩死的存在，恐怕沒有人會在意一個螞蟻與其它螞蟻有什麼不同吧。
“現在是二十點四十八分，距第九九八二次試驗十一分四十秒，請你移動到指定的地點。”
少女用著不含一絲感情的聲線和表情說道。
（雖說已經聽過很多次了，不過這種和電腦合成一樣的聲音真是令人噁心啊。）
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在學園都市內部的另外一處，一個從外表上看與正在進行什麼實驗的某個少女長相完全一樣的少女在無人的大街上狂奔，而這個外表普通的茶發少女正是學園都市七大超能力者（level5）之中NO。3，常盤臺的王牌，最強的電擊公主——御坂美琴。
今天對於御坂美琴來說真是讓人心情複雜的一天，原本因為某個實驗終止而感到心情無比放鬆的御坂美琴卻意外遇到了一個理應不存在的人，那是一個無論衣著還是外表都與自己相同的少女，一個因為某個實驗而被製造出來的，自己的克隆人。
難以置信，這是御坂美琴在遇到那孩子，也就是自己的克隆人時的第一感覺，明明自己已經確認過了，實驗應該已經終止了才對，為什麼還會有這種傢伙存在。
可是，就在御坂美琴質問對方的時候，卻被告知需要通行指令，那個少女不會告訴沒有通行指令的御坂美琴任何情報，於是，御坂美琴決定跟蹤她，可是…
（為什麼到最後感覺像是我陪她玩了一天呢，還把娃太送給她了…真是的，這樣不就像真正的姐妹一樣了嗎）
“永別了，姐姐大人。”
這是那孩子最後對自己說的話，讓人有種不好的感覺。
御坂美琴跑到了一個電話亭，給自己的好友，“書庫”的管理員之一，在駭客界被譽為學園都市的“守護神”的風紀委員——初春飾利，打了一個電話。
“初春，晚上打擾你不好意思，雖然很唐突，但是你知道