陳新甲資歷的確不一般，萬曆年間中舉之後，在地方上擔任多年的知縣，對底層的情況是很熟悉的，崇禎元年調到朝廷，進入到刑部，崇禎三年既調遣到遼東，參與抗擊後金韃子的戰鬥。一直到崇禎十一年，才在楊嗣昌的推薦之下回到朝廷，出任兵部左侍郎，成為楊嗣昌得力助手，陳新甲做事情有魄力，在朝中也得到了一些讚許。
依照陳新甲這樣的身份。來到湖廣怎麼可能協助孫傳庭指揮作戰，其實從京城出發的時候，他想到的就是直接指揮剿滅流寇的戰鬥，五省總督孫傳庭應該聽從他的指揮，儘管聖旨上面不是這樣說的，但陳新甲有最好的理由，那就是他兵部左侍郎的身份。
剿滅流寇的戰鬥，戰鬥表明上是孫傳庭指揮，但其背後真正發揮作用的是兵部。也就是內閣大臣、兵部尚書楊嗣昌，四正六隅、十面埋伏的作戰部署，就是楊嗣昌提出來的，而陳新甲與楊嗣昌之間的關係異常親密，陳新甲此次到湖廣，完全可以代表楊嗣昌和兵部指揮作戰，且孫傳庭沒有任何反駁的理由。
宣讀聖旨之後，陳新甲馬上開始了他的戰術佈置。
湖廣巡撫衙門。廂房，五省總督孫傳庭、監軍王永吉、湖廣巡撫方孔炤、湖廣總兵左良玉、松江總兵劉良佐等人悉數在這裡。
協助孫傳庭指揮作戰的陳新甲。臉上帶著笑容，指著桌上的地圖開始安排部署。
「李自成麾下十餘萬流寇，現如今在河南南陽府、汝寧府一帶活動，張獻忠麾下十餘萬流寇，在湖廣的襄陽和鄖陽一帶活動，其中李自成重點在南陽府一帶。張獻忠重點在襄陽府一帶，尊皇上聖旨，以及兵部的要求，大軍分為兩路剿滅李自成和張獻忠，本官來到湖廣之前。專門請示內閣楊大人，且一起商議，決定由孫大人率領五萬大軍，重點進攻襄陽，湖廣總兵左良玉將軍跟隨孫大人作戰，本官率領五萬大軍，重點進攻南陽，松江總兵劉良佐將軍跟隨本官作戰，此外分佈在汝寧府的流寇，河南巡撫負責抵禦，分佈在鄖陽府的流寇，陝西巡撫和四川巡撫負責防禦，各方的作戰任務是明確的，孫大人和本官主要負責進剿流寇，其餘巡撫負責防禦流寇，阻止流寇之間的聯合…」
陳新甲還在安排佈置的時候，孫傳庭的臉色就微微變化了，分兵作戰是大忌，流寇勢大，朝廷大軍兵分兩路，導致進攻的力量薄弱，不能夠給與流寇毀滅性的打擊，若是兩線作戰都陷入到困境之中，那麼四正六隅、十面埋伏的作戰部署，根本就起不到任何的作用，要求陝西巡撫、河南巡撫以及四川巡撫協同作戰，那不過是說法，儘管三省的巡撫都要聽從陳新甲和他的號令，但他們不能夠直接指揮地方衛所軍隊作戰，相互之間的協調是不可能很好的。
況且孫傳庭從這個作戰計劃之中，隱隱看到了自己先前作戰計劃的影子。
皇上的聖旨是不能夠違背的，兩面作戰的計劃已經確定，孫傳庭不可能反對，可他認為實際操作的時候，還是能夠有所側重的，那就是集中優勢兵力打擊張獻忠，其餘各省巡撫負責圍困和打擊李自成，這樣做同樣是兩線征伐，但效果完全不一樣。
陳新甲的態度，也讓孫傳庭不滿意，他辛辛苦苦的訓練軍士，做好了剿滅流寇的所有準備，陳新甲本來是協助他指揮作戰的，可是看如今的架勢，倒成了陳新甲指揮作戰了，如此的安排，孫傳庭肯定是不舒服的。
陳新甲說完之後，孫傳庭站起身來開口了。
「陳大人，同時剿滅李自成和張獻忠兩股流寇，其作戰的要求，本官很是贊同，不過這作戰的側重點，本官認為還是應該有的，以精銳的兵力剿滅張獻忠，以其他的兵力牽制和剿滅李自成，帶到張獻忠的力量遭受到沉重打擊，則各方力量可以聯合起來，徹底剿滅李自成，如此的計劃，本官認為才是真正可行的。」
孫