帝報仇，在答覆他父親的信上，慷慨激昂地說：“父親既不能當忠臣，兒子自不能當孝子。”於是，吳三桂急行軍返回山海關，宣佈與李自成決裂，轉過臉來，向昨天還是敵人的清帝國投降，請求清帝國派遣軍隊進入山海關，聯合剿滅李自成。從明朝初年開始，山海關一直是北京的門戶和屏障，有著重要的戰略地位。在吳三桂被封為平西王，鎮守雲南時，詩人吳梅村寫了一首詩，名為《圓圓曲》，描述這件事，其中有兩句：痛哭六軍俱縞素，衝冠一怒為紅顏。家家傳誦，吳三桂那時還在雲南，對吳梅村無可奈何，只好送黃金一千兩給他，請求把這兩句刪掉或予以修改，但吳梅村拒絕接受。關於陳圓圓的最後歸宿，史料上沒有記載，至今也是眾說紛紜，但最主要的說法是，吳三桂圖謀反清時，陳圓圓懼怕反清失敗會受到牽連，於是向吳三桂請求要求出家當尼姑。當時吳三桂已經另娶一個美女，於是允許陳圓圓的請求。在吳三桂死去的前一年，陳圓圓不知何故投荷花池自盡，死時年僅四十六歲。
1644年，吳三桂帶領遼東精兵和清國的鐵騎攻打北京大順政權，李自成親自統兵反擊。當時生活日趨腐化、貪圖享樂的起義軍戰鬥意志已經消沉，厭煩戰爭的情緒遍佈起義的隊伍中，已經無力對抗任何的進攻。在抵抗失敗後，李自成倉皇逃離北京，向西安撤退，大順政權覆滅，在撤退前李自成下令將吳三桂的父親和家屬30餘口全部殺死。李自成在到達西安後，吳三桂和清國的軍隊繼續追擊，李自成又逃到湖北，這時跟隨李自成的只有二十餘騎兵，李自成在湖北九宮山被鄉間地主武裝殺害，部眾潰散。李自成死後的第二年，清兵向四川進軍，張獻忠中箭墜馬，被擒斬。
清國在趕跑了李自成之後，把都城從瀋陽遷到北京，建立政權，隨後開始消滅明王朝的殘餘力量。 明朝滅亡後，明朝的皇族又一連在江南建立了三個政權。
第一位是福王朱由崧，他是在洛陽被李自成殺死並剁成肉醬的福王朱常洵的兒子，神宗的孫子。崇楨帝自縊後，朱由崧把都城設在南京，年號弘光，建立了南明政權。他當了皇帝后的第一道命令竟是徵集美女，第二道命令便是命各地方官員進貢*秘方。這個政權只維持了十三個月，清軍便攻破南京，把朱由崧捉住，送到北京砍頭。在弘光朝有一個忠臣史可法，當時奉命率領一萬餘兵守揚州，而清兵有十萬，史可法死守揚州城七日七夜，城陷，史可法慷慨就義。史可法死後，清軍隨後在揚州進行整整十日的大屠殺，史稱“揚州十日”，死難者達80萬。在佔領南京後，清軍頒佈剃髮令，命令十天之內，清佔區漢人一律模仿滿族裝飾剃髮易服，“留頭不留髮，留髮不留頭”，引發了漢族群眾的強烈反抗。江南百姓紛紛起義抗清，其中以嘉定和江陰人民的抗清尤為頑強激烈，先後發生了“嘉定三屠”和“江陰八十一日”等抗清事件，但都被清軍血腥*，期間死難者總數逾越百萬。漢民族的傳統觀念就是身體髮膚受之父母，對於剃髮是絕對不能容忍，當時浙江紹興一位西洋的傳教士馬丁尼在他的《韃靼戰爭記》一書中記載了他目睹的一切：韃靼軍發現沒有任何抵抗，順利地佔領紹興。浙江省南部各縣，也很容易地被征服了。韃靼這時候下令，強迫新近歸降的漢人剃髮，於是所有漢人，無論士兵和市民，都憤怒起來，手執武器，向韃靼反抗。他們對國家和皇帝都沒有這種熱愛，而為了保護自己的頭髮，卻捨生命去抵抗強大的敵人，韃靼終於被擊退到錢塘江以北。最具有代表性的激烈反抗，發生在江蘇揚州和上海嘉定，這兩個孤城的殊死戰鬥，招來滿洲人殘酷的報復，他們在揚州屠殺十天，死八十萬人，在嘉定屠殺三次，死二十萬人。
第二位是皇族血統較為疏遠的朱聿鍵，南京陷落後，他輾轉逃至福建福州，受到福建總兵鄭芝龍的擁戴，繼承朱由崧的帝位。但以後鄭芝龍卻和清