在矩陣中生活的一名年輕的網路駭客尼奧發現，看似正常的現實世界實際上似乎被某種力量控制著，尼奧便在網路上調查此事。而在現實中生活的人類反抗組織的船長莫菲斯， ；也一直在矩陣中尋找傳說的救世主，就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂的指引下，兩人見面了，尼奧也在莫菲斯的指引下，回到了真正的現實中，逃離了矩陣；這才瞭解到，原來他一直活在虛擬世界當中。
真正的歷史是，在20xx年，人類發明了ai（人工智慧），然後機械人叛變，與人類爆發戰爭，人類節節敗退，迫不得已的情況下，把整個天空佈滿了烏雲，以切斷機械人的能源（太陽能），誰知機械人又開發出了新的能源………生物能源，就是利用基因工程，人工製造人類，然後把他們接上矩陣，讓他們在虛擬世界中生存，以獲得多餘的能量，尼奧就是其中一個。
尼奧知道後，也加入了人類反抗組織，在莫菲斯訓練下，漸漸成為了一名厲害的“駭客”，並漸漸展露出與其他駭客的不同之處，讓莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在這個時候，人類反抗組織出現了叛徒，莫菲斯被捕，尼奧救出了莫菲斯，但在逃跑過程中，被矩陣的“防毒軟體”特工殺死，結果反而讓尼奧得到了新的力量，此時真實世界中的崔妮蒂緊依著尼奧和他對話並深深的吻了他，感受到真實世界的深情之後尼奧彷彿頓悟一般地復活了！復活後的尼奧對自己“救世主”的身份已無絲毫懷疑，明白到自己可以重寫矩陣內程式的能力。他馬上入侵了其中一個特工程式——史密斯，令史密斯煙消雲散，消失得無影無蹤，其他的特工程式嚇得落荒而逃。
從此，人類與機械的戰爭，進入了一個新的時代！（未完待續。。）
第十五章 見到了光
站在電影院門口，不斷有人從蕭軒身上穿過去，蕭軒的目光微凝，一隻手攤開，與此同時，天上忽然凝聚出了一圈烏雲，剛好將這一片區域給覆蓋住，附近的人還以為是快要下雨了，便開始一個個加快了自己的步伐。
“還不出來麼？”
蕭軒的聲音很輕，很輕，彷彿是一種輕聲地呢喃，但是作用在這外界，則是頃刻間，雷聲炸起，轟鳴之聲不絕於耳，四周的亡靈之力正在向這裡凝聚，化作了陣陣狂風呼嘯而至！
這是一種質問，一種質詢，一種警告，更是一種逼迫！
雖說，比起天神小隊隊長直接質問一個世界本源，現在的蕭軒還差得很遠很遠，但是經過這次任務世界的鍛鍊，已經觸控到大魔導師境界門檻的他，已經具備了那種使得自己和四周空間產生共鳴的能力，一言一語之間，自有天地異象交相呼應，宛若言出法隨！
少頃，在這座電影院的最上端，出現了一道人影，這是一個女人，她長得和扶桑嫂一模一樣，但是卻又不是真正的扶桑嫂，真正的扶桑嫂還在被七夜和尚壓制著，這裡顯化出來的，是這個世界的規則之力，按照扶桑嫂為原型而形成的一種“生物”，就像是一個活人體內的抗體似的，她的存在，就是掃除這個世界裡的所有不穩定因素，使得這個世界繼續保持平穩地勢頭髮展下去。
因為有她們的存在，所以扶桑嫂才沒有辦法將自己的手伸到這個世界裡來，因為，就連真正的扶桑嫂，其實都不是她們這種“世界抗體“的對手，哪怕對方還是克隆的自己；眼下。執行這個世界的規則之中，蕭軒應該去將自己聯絡最深的人殺掉成為替死鬼，但是蕭軒沒有按照規則行事，並且企圖破壞規則，她便將出現，將蕭軒於這個世界中……抹除！
“你……”女人將手指向了蕭軒。以一種絕對冷酷無情地姿態道：“的選擇，錯了。”
“主神只是讓我找替死鬼，可沒說一定讓我去找誰，你，又算是什麼東西，沒有資格來對我的選擇指手畫