這兩黨的鬥爭影響了朝廷的正常運轉和方針大計。
李明睿是保皇黨的核心成員，也是最初選擇站在皇帝朱由校這邊向士大夫統治階層發出挑戰的關鍵人物，也因此朱由校也給予了他在皇家資本上的諸多的利益。
不僅僅是讓他在皇家資本中得到分紅，還允許他們李家自己出資經營朝廷所不能顧及的肥皂、香水、面膜等新產品，猶如讓茅家經營的皇家織造局一樣。
因而，現在的李明睿家族也是極度富有的，甚至本質上已經算是大資本家，特別是海貿開通以後，他李家經營的皇家民生公司更是賺得盆滿缽盈。
可以這麼說，李明睿現在就成了新興資本家族的代表人吳，也不僅僅是他，還有駙馬鞏永固、楊廷春、工部尚書霍維華、戶部尚書郭允厚以及禁衛軍體系的武官們等都是屬於商稅改革和海貿開通後的新興既得利益者。
他們主張大明繼續擴張海外貿易，開啟一些封閉國家特別是日本等國的市場，以滿足他們的商業利益最大化，甚至他們還主張用鉅艦和大炮去奪回原本歸屬大明如今卻被西方殖民者奪去的海外藩屬。
而錢謙益能進入保皇黨陣營，從一開始便不算因為政治理念與朱由校相同，甚至利益追求上也不與保皇黨相同，而他之所以能官至首輔，則是因為他夠無恥，對自己夠狠，先以燒東林書院為投名狀，再以自斷子孫博得朱由校的肯定與認同，並最終靠毫無節操的厚臉皮優勢而上位為首輔。
但從本質上來說，他還是一個傳統計程車紳，代表的傳統士紳階層的利益，他是反對官紳一體納糧的，因而儘管他的節操已經被江南士紳們所不恥，但因為他是傳統官紳在朝廷中的最高階別官員，因而他還是成為了新的傳統士紳官員的領袖人物。
錢謙益等依舊還竭力維持士紳階層利益的守舊派官員們雖然現在不敢直接反對皇帝陛下朱由校的新政政策，但很多時候也會間接使些絆子，最直接的表現就是與李明睿等人鬥得越來越兇。
很多時候，儘管守舊派的領袖人物錢謙益是個被人詬病和唾罵的無恥之人，但大多數的官員卻是屬於翰林院與科道等官員，這些以清流自居的官員或多或少在節操上還是比較清廉的。
而李明睿等革新派官員雖然銳意改革，但因為他們佔據著目前大明大多數最賺錢的機構，因而這種情況下，難免每個革新派官員都清廉自守，很多時候，這些官員是一邊幹實事一邊儘可能的撈取好處。
因而在兩派鬥爭的時候，尤其是以貪腐這類的罪責進行鬥爭時，很多時候，守舊派反而成了正義的一方，而革新派反而因為手腳不成功被揭發。
這樣就逼得朱由校在很多時候儘管在治國信念方面是站在革新派一邊，但有時候從理智上特別是從正義角度來不得不支援守舊派。
這似乎並不常見，當年王安石變法，就有支援變法的官員中多為小人的說法，而在張居正的新政中也有這樣的現象，即便是原本歷史上後世的晚清洋務運動中，也發生了楊乃武與小白菜這樣的事件，而事件背景中，以翁同為代表的保守黨卻代表了正義的一方，左宗棠等洋務派反而是這個冤案的反派。
所以，這也是朱由校在剷除東林黨後，並不再完全清楚這些守舊派官員的原因，甚至很多時候也會選擇性的讓一些清廉自守或者聽話的守舊派官員身居高位且擔當要職，其目的就是讓他們起到對革新派官員的監督作用。
尤其是讓這些守舊派官員擔任科道方面的官員，這樣一來，儘管他們有權，但卻沒辦法干涉朝政走向，但也的的確確讓革新派官員不得不收斂一些。
這也算是一種帝王的心術，而朱由校要做的就是保持著兩黨的平衡，就要讓革新派能穩定而有效的推動著改革與發展，又要守舊派官員起到良好的監督作用，促使