貞觀六年（632）設“舟楫署”管理漕政，後因不敷需要而廢罷。中期以來，因漕運日重，唐廷常令宰臣兼轉運使等職，主管漕政。綱運制度形成後，制定相應獎懲制，責成地方長官分負其責，後進一步明確由沿河縣令主持所在地段漕運事宜。
【宋】
北宋漕糧分四路向京都汴京（今河南開封）集運：淮汴之粟由江南入淮水，經汴水入京；陝西之粟由三門峽附近轉黃河，入汴水達京；陝蔡之粟由惠民河轉蔡河，入汴水達京；京東之粟由齊魯之地入五丈河達京。其中來自東南六路的淮汴之粟佔主要地位。中央三司使總領漕政，各路轉運司（漕司）負責徵集，發運司負責運輸。北宋對運河進行一系列整治，恢復與完善壩閘制，並建立複式船閘。加之北宋漕線較隋唐縮短近半，故運輸能力大增。
汴渠的水源黃河僅有半年左右充沛期。為有效利用半年可航期，北宋仍承唐轉般法，並以“平糴”為其基礎，江湖、兩浙，宿亳（淮南路）米麥，分別糴於真州（今江蘇儀徵）、揚州和泗州。發運使一員駐真州，督江浙等路糧運，一員駐泗州，負責真州至京師糧運。所在糧倉稱轉般倉，豐則增糴，飢則罷糴，將當納糧額折交斛錢（額斛），另從本地倉儲中代支起運（代發）；諸路運轉司所徵漕糧交發運司。若耽誤可航期，發運司則以一百萬貫的“糶糴之本”，就近趁糧價賤而糴糧起運。此法自熙寧變法以來更趨完善，發運司的本錢從一百萬貫漸升，最高達三百五十萬貫，除保證六百萬石的年運量外，真、泗二倉還有數年儲備。江南各路漕船按期至真州等倉後，還可裝官鹽返航，增加了效益。發運司掌六千隻左右漕船，綱運制進一步完善，熙寧二年（1069）又招募客舟與官舟分運，徵召一批商船直運至京。宋初東南六路漕米數目不定。太平興國六年（981）始定歲運江淮稅米三百萬石，至道初（至道始於995）五百六十萬石，大中祥符初（大中祥符始於1008）七百萬石，其後漸升，真宗、仁宗朝（1023～1064）因運河設施改善，年運量達八百萬石。漕運常額，自景德三年（1006）定為六百萬石，自天聖五年（1027）起暫減為五百五十萬石。金帛鹽茶布等“東南雜運”均由運河運送。另如徐州冶鐵，年運數達三十萬斤。徽宗、欽宗時政治昏暗，漕政敗壞。蔡京廢轉般法，改直運法；“花石綱”等危害漕運事件屢有發生，故運量漸減。欽宗時汴京被圍，汴渠潰決，所入不及常數百一。
南宋漕運體系以臨安（今浙江杭州）為中心作重大調整。建炎年間，江浙、湖廣、四川糧大多運往沿江重鎮及抗金前線，後改運臨安，運數大致仍六百萬石。諸路中，江西獨居三分之一，長江及江南河為運輸主幹，採取官運為主、商運為輔的方式。
【元】
元都大都（今北京），汴渠也因北宋末年戰亂及黃河“奪淮入海”而失效，故大運河中段改南北取直，東移山東；海運興通，漕運進入新階段（見元代海運）。
元初漕運大致循唐宋大運河舊道入大都，但因舊運河失修，只能採取水陸聯運形式。至元十八年（1218）修鑿濟州河，引汶、泗水經濟州（今山東濟寧）西北至須城（今山東東平）安山，南來運舟由徐州經濟州河入大清河，至利津（屬今山東）入海，海運至直沽，再水陸聯運至大都。二十六和二十八年會通河（須城安山至臨清）與通惠河（通州至大都）鑿成，元代大運河全線溝通。此外，至元十八年鑿成縱貫膠州灣與萊州灣的膠萊河，又形成一支海河聯運路線：運舟從江蘇淮安順黃河（黃河“奪淮入海”前的淮河故道）東下出海口，沿海北上入膠萊河，再經海道至直沽。
內河漕政的管理於至元十九年始趨完善，江淮都漕司負責江南至瓜州（在今江蘇**）段，京畿都漕運司接收前司漕糧，負責中