“大宋”國在和元朝進行激烈地戰鬥時，朱元璋卻在南方擴張。一三六三年，朱元璋跟陳友諒在鄱陽湖決戰，陳友諒的運氣不好，當戰鬥正酣時，他從船艙中偶爾探出頭來，竟被流箭射死。他的兒子陳理年幼，不能治理國家，於是投降了朱元璋。陳友諒建立的“陳漢帝國”立國五年而亡。 一三六六年，“大宋”國受到張士誠的攻擊，宰相劉福通戰死，皇帝韓林兒出奔滁州，朱元璋派軍隊前往滁州奉迎韓林兒到自己的根據地應天，然而奉迎的軍隊卻奉朱元璋的命令在途中把韓林兒推入長江溺死，“大宋”國立國十二年而亡。一三六七年，朱元璋攻入平江，即江蘇蘇州，張士誠被擒，被送往應天，最後自縊而死。
一三六八年，距劉福通集結黃河勞工反抗元朝*已十七年，朱元璋在消滅了其他各個起義力量之後，才正式面對元朝，不過這時的元朝，已不是十七年前的元朝了，它的主力已經基本上被已經滅亡的“大宋”國消滅掉了，朱元璋可以輕而易舉地將元朝推翻。朱元璋率兵攻佔北京，元順帝倉皇逃往漠北，蒙古人至此全部被逐出中國，歷十代皇帝，統治中國九十八年的元朝滅亡。元朝滅亡時，凡在中國的蒙古人，幾乎全部被漢人屠殺，連母親懷中的嬰兒也被摔到石階上，腦漿迸裂而死，慘不忍睹，這是漢人對蒙古人多年殘暴統治的瘋狂報復。
公元一三六八年，四十一歲的朱元璋當上皇帝，國號大明，年號洪武，史稱洪武帝，廟號太祖，以南京為都城。朱元璋稱帝后，做了幾件大的政治措施：
第一 休養生息。朱元璋說：“天下初定，百姓材力俱困，譬猶初飛之鳥，不可拔其羽；新植之木，不可搖其根。要在安養生息之而已。”讓百姓休養生息，提倡政府節儉，對人民少勞役。
第二 懲治貪官。朱元璋時期是歷史上對貪汙鬥爭最激烈的時期，也是殺戮貪官汙吏最多的時期。在朱元璋年輕時，他親自看到也親身經歷過貪官汙吏橫行霸道，非常痛恨，也深知官吏貪汙對朝廷統治的危害，所以朱元璋嚴格整頓吏治，即使是手下最親信的將領犯了法，也從不饒恕。在戰爭期間，因為糧食缺乏，朱元璋下令禁止釀酒，大將胡大海的兒子胡三舍違反了禁令，而此時胡大海正在前方打仗，很多將領為之求情，害怕殺了胡大海的兒子，胡大海會反叛，但朱元璋說，“寧可使胡大海反了，也不可以壞了我的法令”，自己揮刀將胡大海的兒子胡三舍殺死。對於犯法的將領，犯一個，殺一個。在朱元璋當上皇帝以後，實行了很嚴格的法律來懲治貪官汙吏，官員如果貪汙達到六十兩，就會處以扒皮的酷刑。把各州府縣衙門的土地廟，作為剝皮的場所，被稱做皮場廟。在衙門裡擺著人皮，裡面塞以稻草，以警戒官員，讓他們不敢貪汙。除此以外，還有挑筋、剁指、刖足（砍掉雙腳）、斷手、臏刑（剔去膝蓋骨）、鉤腸、去勢（閹割）等酷刑。即使這樣，還是有人敢貪汙，被處以酷刑的不下數萬人。
第三 誅殺功臣。朱元璋當上皇帝后，為了不使自己的大權旁落，也為自己的太子著想，因為太子比較文弱，朱元璋擔心太子即位以後，無法控制這些大臣，於是就找各種理由大殺功臣。開國元勳幾乎被統統處死，文武大臣
每天上朝之前都會和家人做一次告別，因為不知道下午是否能活著回家，到下午平安回來，全家才有笑容。其中著名的有左丞相胡惟庸案和大將軍藍玉案。胡惟庸掌權之後做了不少壞事，首先毒死朱元璋出色的軍師劉基，因為劉基曾經說胡惟庸不宜為相，胡惟庸一直耿耿於懷，劉基生病時，胡惟庸介紹醫生給看病，吃了藥，就死了。此後胡惟庸處理許多大事，居然不奏知朱元璋，就自己行事，獨斷專行，大權獨攬，使朱元璋大權旁落，朱元璋認為他狂妄有異謀，而且朱元璋後來還得知胡惟庸暗中在外收集軍馬，蒐羅一些亡命之徒為親信，準備起事，