當時的遇難者有2萬多人，雖然這個數字和後來的南靖大屠殺30萬人相比要少，可旅順全城最終活下來的只有埋屍的36人。其慘烈一點都不比南靖大屠殺小。
旅順位於遼東半島最南端，與威海衛隔海相望，共扼渤海門戶。旅順作為北洋水師重鎮，由李鴻章耗時十六年、耗資數千萬建成，船塢、炮臺、軍儲的實力為北洋軍之首，被稱為“遠東第一軍港”。旅順不僅背靠群山，而且主要山峰上都設有炮臺。東面有松樹山、二龍山、雞冠山等炮臺，西面有椅子山、案子山、望臺北等炮臺，共有加農炮、榴彈炮、野炮、山炮等各種大炮78門。關於旅順之險要，曾有詩云“海水一泓煙九點，壯哉此地實天險！炮臺屹立如虎闞，紅衣大將威望儼。”
駐守旅順的清軍，原有記名提督黃仕林、記名總兵張光前各兩營，後各增募兩營，共八營4100人。後增加臨元鎮總兵薑桂題四營、記名提督程允和四營，共八營4000人。11月初，李鴻章又派記名提督衛汝成的五營3000人，再加上金州、大連灣敗退的連順、徐邦道、趙懷業殘部，總兵力為14700人。清軍兵力雖多，但諸軍互不聯絡，均無固守的信心。八位統領互不隸屬，各行其是。雖然臨戰前公推薑桂題為總督，但他戰守無策，一味告援，不能改變諸軍相互觀望坐視的局面。
而菊**方面，自第二軍在奪取大連灣後，為攻克旅順，在大連灣整休一旬。11月17日拂曉，菊國第二軍除在金州、大連灣留下少量部隊外，全部出動進犯旅順。倭寇兵分三路，在左右兩翼之間還有一支騎兵搜尋隊。是日，右翼縱隊和搜尋騎兵在三十里堡宿營，左翼縱隊在辛塞子宿營。18日晨6時左右，右翼縱隊從三十里堡出發，下午2時30分到達營城子。同日上午10時，搜尋騎兵隊第一大隊長秋山好古率領的前鋒到達土城子，此時清軍3000餘人突然出現，將騎兵隊團團圍住。倭寇騎兵陷於重圍之中。秋山下令突圍，向雙臺溝方向逃去。此次土城子迎擊戰，倭寇死傷55人，但此後清軍卻不敢主動出擊，消極防禦。
正是這次算不上大捷的土城子迎擊戰最終卻成了倭寇製造大屠殺的藉口。有菊國學者認為，正像1937年秋後的淞滬會戰倭寇遭到重創，戰死約15000人，而“復仇情緒高漲”，從而引發了“南靖虐殺”一樣，1894年11月18日的土城子之戰則是“旅順虐殺的導火索”。
據菊國文獻記載說在這次土城子一戰中有中萬德次中尉等11人戰死後被清兵割取首級並削鼻、挖眼和破腹，造成倭寇全軍大怒的氛圍。還說在攻陷旅順後發現了中萬中尉的首級。菊國和國外的許多文獻指出，是報復情緒才導致了旅順屠殺。
土城子之戰本是一場小仗，之所以成為轟動世界輿論的重大事件，與菊國方面大肆渲染的“凌辱屍體”是密切相關的。
“梟首”是古代戰爭沿襲下來的一種野蠻習俗，到了近代仍未完全廢除。但當時旅順清軍曾下達過“不準割取首級，割首級者不賞，以防耽延時刻有誤行軍”的命令，根據近代的歷史學者研究考證，種種跡象表明，所謂“凌辱屍體”事件，完全是菊**方一手渲染起來的。倭寇擔任進攻旅順的主力是第一師團，其師團長山地元治中將便是這一所謂事件的製造者。
除了所謂的凌辱屍體事件，為了掩蓋真相菊國官方歷史文獻中還有一種說法：“旅順清兵脫掉制服，換成居民便衣，藏於居宅空屋中進行抵抗。部分居民也奉命以武力抵抗。”這意思急救是說，倭寇所屠殺的不是繼續抵抗的便裝清兵，就是奉命作戰的居民。
有菊國學者也聲稱“敗兵脫下軍裝，換上便衣，潛伏於居民家中。菊**隊於掃蕩中難以區分敗兵與居民。於是，凡是壯丁，估計可能是士兵者，都毫不留情地殺了……大量屠殺俘虜是違