到了混亂的藥品生產和流通給人民群眾生命帶來的巨大威脅；另一方面，作為一局之長，他也希望在來日不多的任內多做一些事情，留下一些政績。不管事情做得怎麼樣，他的的確確做了，而且自認為成績很大，當時的一些報刊也把他的政績大肆宣揚了一番。
鄭筱萸對自己的政績是十分得意的，他曾在一些場合講，主政藥監局7年來，做了兩件大事，一件是“地標”升“國標”，另一件就是推行GMP、GSP認證。
“地標”升“國標”為的是統一國家標準，為的是藥品質量的優勝劣汰。1998年新的藥監局組建前，藥品審批權分散在中央和地方行政管理單位，地方審批的藥品標明的是省字號，國家審批的藥品則標明的是國字號，兩種標準均在全國範圍內流通。由於各地審批時標準把握不同，致使市場出現混亂，嚴重影響了藥品生產的監管實效。
2001年全國人大常委會審議透過的《藥品管理法》第二十九條明確規定，研製新藥，經國務院藥品監督管理部門批准後方可進行臨床試驗……發給新藥證書。按照這一規定，地方的新藥審批權將全部收歸國家藥監局。
國家食品藥品監管局副局長吳湞在接受媒體採訪時說，“地標”升“國標”有利於藥品監督，有利於保證藥品安全。但在這項工作過程中確實有企業夾帶了一些不該升國家標準的品種，還有個別審批人員濫用職權，違規審批，收受賄賂。
實際情況比這位局長講的嚴重得多。
一位參與了這項工作的技術人員告訴我，權力集中到國家局之後，對權力的設計和制衡都缺乏有效監管，一場看上去轟轟烈烈的“地標”升“國標”，則成了一些人尋租的絕好機會。
法庭上，檢方指控鄭筱萸的罪狀是，在這項工作中存在嚴重的瀆職行為。他擅自批准啟用全國統一換髮藥品批准文號工作，在藥品註冊司臨時成立了一個工作組，只有十幾個人的審批機構在3個月內換髮了萬次文號。可以想象這十幾個工作人員是如何在短短的時間內履行審批數量如此之大藥品文號的，審批人員縱使生出三頭六臂，也無法完成認真稽核檔案的任務，審批中的監管成了一句空話。
對於數萬家醫藥企業，“地標”換“國標”是進入市場攫取利潤的一次博弈。原來的門檻不算數了，新的門檻標準太高，邁不過這一道門檻，企業將被市場無情地淘汰出局。時間日益迫近，藥企的緊迫感日益增強，於是各路神仙各顯神通，各種公關手段統統出手，無非是大把大把地花銀子，用銀子墊高產品，直到透過“國標”審批。
鄭筱萸和他的藥商們 第一節（3）
鄭筱萸自鳴得意的另一項政績是GMP和GSP認證。
1999年，他在大力推進藥監體制“省以下一體化垂直監管”同時，開始了強力推進GMP認證。據業內人士介紹，中國從開始頒佈到全面強制實施GMP認證，用了大約14年時間，1988年中國頒佈了第一個藥品GMP，那時還是一個指導性檔案，到了1995年開始在藥品生產企業自願認證。鄭筱萸執掌藥監大權後，開始採用強制手段。
縱觀國外發達國家藥品監管，均實行GMP認證管理，世界一百多個國家和地區實行了GMP認證管理制度。應該承認，與“地標”升“國標”一樣，GMP認證提高了製藥企業准入標準，使那些作坊式、手工式以及不符合標準的藥企淘汰出局。
可是，這項認證與“地標”升“國標”一樣，最終成為某些不法分子腐敗的溫床。所謂GMP（GOOD MANUFACTURING PRACTICE）其義為良好作業規範或優良製造標準。這是一項注重製造過程產品質量與衛生安全的自主性管理的行業規範。
鄭筱萸再一次表現了他一貫