2005年6月22日，鄭筱萸被免去國家食品藥品監督管理局局長、黨組書記職務。表面上看，鄭筱萸安全著陸。
粉碎“四人幫”以後，鑑於幹部年齡老化，鄧小平提出幹部制度改革，改變領導職務終身制，中國的退休制度逐步建立和完善。按照中國目前的退休制度，一般幹部至副部級以下官員，年滿60歲即要退休，正部級幹部退休年齡為65歲，而國家級領導人則幹到70歲左右。
鄭筱萸離開企業調任浙江省總工會主席，行政級別為司局級，那時他年僅40多歲。1994年4月奉調進京任國家醫藥管理局局長、黨組書記時升為副部級，他才50歲，以後雖然機構數度變化，但他的行政級別一直保持在副部級。
2004年12月10日他年滿60歲，按照中國官員的退休制度他應該退休了，可不知什麼原因，直到半年以後的2005年6月才辦理退休手續。
鄭筱萸在副部級崗位整整幹了10年零6個月，而且一直在同一個權高位重的崗位幹了10年，可以肯定，對中國的退休制度他比誰都清楚，他預知即將退休，在他即將離開局長崗位的幾年裡，他的心態肯定與當年興沖沖進京迥然不同。那時，他將進京作為人生的一個新的臺階，作為一個可以盡情展示才華的大舞臺，他對自己的前途信心十足。
藥監局長的10年是鄭筱萸人生之旅的最後一段輝煌、詭譎的時光。他如同一位水手，駕駛著人生的小船一路走來，終於駛入了一片嶄新的海域。他駕駛的小船上一派豐收的景象：經過幾十年的拼搏，他位居高階幹部的副部長級行列；他經歷了中國醫、藥兩屆的激烈變革，建立了醫藥監管體系，並在這個崗位上大權在握一干就是10多年，巨大的權力所帶來的種種陶醉、愉悅、榮譽、快樂他都一一品嚐過。
作為一位水手，在預知水手的使命來日不多的時候，他或許已經心力交瘁，10多年在駭浪之中游走，其中的酸甜苦辣只有自己最為清楚。法庭上，鄭筱萸談起自己在藥監局長任上的表現時，一直津津樂道，他的辯護律師也對他擔任局長期間所作的貢獻，尤其是帶病堅持工作讚賞有加。
在鄭筱萸出事之前，許多人對這些年醫藥界出臺的一系列措施大加讚揚，儘管醫藥界的亂象已經民怨沸騰，有的人包括有的領導仍然認為這些年的GMP認證、“地標升國標”符合國際浪潮，是與國際接軌的重大舉措。在有些人眼裡，鄭筱萸是個沒功勞有苦勞的人物。有些人則認為他譭譽參半。當然，也有許多人認為中國的醫藥亂象他應該負責。
鄭筱萸安全著陸了，可以像許多退下來的老幹部們一樣，子孫繞膝、安度晚年了。退下來的鄭筱萸想必對自己的官場生涯會作出總結，也很可能有許多驚人之語，遺憾的是我已無緣與他交流，當然無法瞭解他內心深處的想法。但是，退下來的鄭筱萸像中國的許多官員一樣，在一些民間組織中還兼有職務，他還經常乘著飛機在天上飛來飛去，從他與朋友們的閒聊中，從他在一些場合的講話中，我們可以窺見他的一些心路歷程——。 最好的txt下載網
鄭筱萸和他的秘書們 第三節（2）
他不能不正視由他監管的醫藥領域民怨已經沸騰，但他堅持認為自己辛辛苦苦，做了大量工作，如同他在法庭上為自己辯解的那樣。他承認自己有錯，但功勞也是巨大的，他不會想到自己會走進牢獄，更不會想到很快就會走到生命的盡頭。
智者和賢達從他所駛入的看上去靜謐安詳的海灣，看到的卻是波平浪靜下的暗流湧動和潛伏在水下面目可猙的塊塊礁石。鄭筱萸從行政領導崗位上退下來後，還保留一些群眾團體或事業單位的職務，他所擔任的職務是中國藥學會理事長。正是由於有了這些職務，他在一段時間沒有從人們的視線中消失。