然而，顧嘉蘅並未就此罷休，他旋即回家鄉打點銀兩，又奪回了楠陽知府之職，此即顧第五次任南陽知府。
但馬步衢為了和顧嘉蘅見個高低，不久便再次驅車進京，這次他幾乎將家中白銀散盡，終於使吏部再次撤去了顧的南陽知府之職。
由此可見，不管他個人品質多好。他也不能免俗。而且還企圖為了洩憤，壓制抵制他的人。
顧嘉蘅非常佩服諸葛亮的人格，對其當年躬耕地臥龍崗十分仰慕，於是重修武侯祠。
他曾親自主持修繕事宜。高臺堂院增新。高樓砌以磚石。並在祠之南建龍角塔。
他還注意豐富武侯祠的文化內涵，曾將頗能體現諸葛亮立身治國的《諸葛亮文集》中《將善》、《兵權》等四篇文章書後鐫刻於祠內，並作有多篇懷古詩文。
加之他喜歡書法。至今武侯祠由他親書的匾額有四方，對聯有六副，題詠石刻等達十幾塊。
南陽於元朝設府，歷代均有修葺，顧嘉蘅的前任知府嶽興阿曾於道光二十七年春對其進行大修，使百廢俱舉。
但至咸豐元年，府衙中又有不少建築浸圮毀壞，於是顧嘉蘅便進行了一定規模的修葺補建。同時他還在府衙的後院、內宅周圍增建不少建築，並親自題寫名字。
不管怎樣，顧嘉蘅在滿清末期確屬能吏。
他調升南陽知府後，首先注意的是安撫百姓，認真審理積壓下來的案子。
在初任知府的數月間，顧嘉蘅僅清理積案就達三百餘起，並注意整頓社會治安，穩定了楠陽當時的社會秩序，受到百姓好評。
顧嘉蘅對軍事上事務也很重視，尤其是對楠陽的城防工事。
顧一方面抓緊組織團練，一方面修築浸圮的楠陽城池。
顧嘉蘅這次對南陽城的修建是前所未有的，城高兩丈，南北月城門可直達正門。
顧嘉蘅還在正門和月城門上方、拱券外面逢中各加上一塊石刻橫額。
東門外曰“中原衝要”，內曰“楚豫雄藩”。
西門外曰“控制秦關”，內曰“呂城肇封”。
南門外曰“車定指南”，內曰“荊襄上游”。
北門外曰“星拱神京”，內曰“源朔紫靈”。
他以此來反映南陽地理位置和戰略地位的重要。
既然如此重要，他發誓不讓楠陽從自己手中丟失。
他採取的戰略時，把說有的滿清軍力全都收縮排楠陽，除了南陽總兵圖塔納直接率領的六千綠營健卒以外，又湊了四千清兵。
總共一萬清兵，全部退守進入楠陽城內。
但是這些兵，遠遠不夠守城的需要，顧嘉蘅嘆了一口氣，對圖塔納說：“老弟，你來負責北門吧！一定要守住，直到援軍到達！希望他們能夠趕來！”
他已經給駐鄭州的滿清提督送去了求援信。
其餘三道門，顧嘉蘅只好託付給當地大族。
西門，有姜氏大族負責。
姜家是西周姜太公子牙的後人，現代族長姜繼周，足智多謀，正是年富力強時期。
他的整個家族成員共有十萬餘戶，十五至六十五的男丁足有四十萬！
姜繼周抽出最強壯的十萬男子，前去首位西門。
以姜繼周的足智多謀，他不會老老實實死守西門的。
實際上把已經做好了安排，只等捻軍眾人一到，就給他們點顏色看看。
他從收集的情報已經知道，這次捻軍的騷亂也是飛往場。
聽故知府說，他們不但有本地的捻子，還有許多外來的！
不但有外來的，還有大批的援軍，據說是南方來的天軍！
他們的實力怎麼樣，沒有親眼見過，聽說很厲害！