並規定免稅三年，所墾之地歸墾荒者所有；還規定，農民有田五至十畝的，必須栽種桑、棉、麻各半畝，有田十畝以上者加倍種植。這些措施大大激發了農民墾荒的積極性。
除了民屯外，明初還有軍屯和商屯。軍屯由衛所管理，官府提供耕牛和農具。明軍士屯守比例是：邊地軍隊三分守城，七分屯田；內地軍隊二分守城，八分屯田。軍糧基本上自給自足。商屯是指商人在邊境僱人屯田，就地交糧，省去了販運費用，獲利更豐。商屯的實行，解決了軍糧問題，同時也開發了邊疆。
為了恢復和發展生產，明皇十分重視興修水利和賑濟災荒。在即位之初，明皇就下令，凡是百姓提出有關水利的建議，地方官吏須及時奏報，否則加以處罰。到1395年，全國共開塘堰大約40987處，疏通河流大約4162道，成績卓然。明皇出身農民，深知災荒給農民造成的痛苦，在他即位後，常常減免受災和受戰爭影響的地區的農民的賦稅，或給以救濟。明皇還十分愛惜民力，提倡節儉。他即位後，在應天修建宮室，只求堅固耐用，不求奇巧華麗，還讓人在牆上畫了許多歷史故事，以提醒自己。按慣例，明皇使用的車輿、器具等物，應該用黃金裝飾，明皇下令全部以銅代替。主管的官員報告說用不了很多黃金，明皇卻說，他不是吝惜這點黃金，而是提倡節儉，自己應作為典範。在明皇積極措施的推動下，農民生產熱忱高漲。明初農業發展迅速，元末農村的殘破景象得以改觀。農業生產的恢復發展，促進明代手工業和商業的發展。明皇的休養生息政策鞏固了新王朝的統治，穩定了農民生活，促進了生產的發展。
《明太祖實錄》第92卷寫道，洪武七年農曆八月，明皇給南京的官員下了一道聖旨，讓他們找一塊空閒土地，蓋260間瓦房，供沒有住房的南京人居住。一個月後，他又給上海（當時叫華亭縣）的官員下了一道聖旨，讓他們對宋朝留下來的居養院進行翻修，修好後讓沒有住房的上海人居住。
這兩道旨意下發之後，南京和上海的地方官很快地執行了，明皇很高興，認為試點成功，在當年年底，又給中央的官員下了一道旨意：“令天下郡縣訪窮民，無告者，月給以衣食，無依者，給以屋舍。”（《明太祖實錄》卷93）沒飯吃的，國家給飯食；沒衣服穿的，國家給衣服；沒房子住的，國家給房子。清除權臣明初，官僚機構基本上沿襲了元朝，明皇逐漸認識到其中的弊病，於是進行了改革。首先是廢除行省制。1376年，明皇宣佈廢除行中書省，設立承宣布政使司、都指揮使司和提刑按察使司，分別擔負行中書省的職責，三者分立又互相牽制，防止了地方權力過重。
明皇出身貧苦，從小飽受元朝貪官汙吏的敲詐勒索，他的父母及長兄就是死於殘酷剝削和瘟疫，自己被逼迫從小出家當和尚。所以，在他參加起義隊伍後就發誓：一旦自己當上皇帝，先殺盡天下貪官。
後來他登基皇位不食言，果然在全國掀起轟轟烈烈的“反貪官”運動，矛頭直指中央到地方的各級貪官汙吏。他的辦法很特別：
首先，明皇對貪汙六十兩銀子以上的官員格殺勿論。當他發現御史宇文桂身藏十餘封拉關係拍馬屁私託求進的信件後，立即派人對中央各部和地方官府進行調查。結果顯示從上到下貪汙**現象極其嚴重，他龍顏大怒，立即詔令天下：“奉天承運，為惜民命，犯官吏貪贓滿六十兩者，一律處死，決不寬貸。”並稱：從地方縣、府到中央六部和中書省，只要是貪汙，不管涉及到誰，決不心慈手軟，一查到底。
其次，明皇敢於從自己身邊“**”開刀。明初的中書省下屬吏、戶、禮、兵、刑、工六部。由於大量留用元朝的舊官吏，以及一些造反起家的功臣。他們有恃無恐貪贓枉法。明皇大膽對這些官員進行懲處。
洪武十