由左右水軍大都督各一人掌事，正二品。
下設水軍都督同知，從二品；水軍都督僉事，正三品；水軍都軍正四品，水軍左右參軍各一，正五品以上；水軍督軍左右斷事各一，正六品以上。
另外水軍各戰船指揮將領，按戰船大小任命相應品級的武官擔任。
水軍都督府下設內河水軍司，海域水軍司，戰船都造司，水軍練兵司，水軍軍儲倉等五個下屬部門。
內河水軍司，負責巡視內陸河流湖泊，清剿河湖內的水匪，保護內陸水域安全。
海域水軍司，負責巡視大唐四周海域，清剿海域內的水匪，查驗外來船隻，驅逐清剿入侵的外來戰船。
同時與兵部，戶部，財部，工部合作，核查四周海域中的島嶼，繪圖立石碑宣示領地權，在島嶼上尋找金銀銅鐵等礦產，增加國庫財源，水軍和各部可各分潤一些所得財物。
尋找各種可食用和移植的食物，讓大唐百姓擁有更多可食之物。
戰船都造司，管轄各地造船廠，負責水軍各種戰船設計建造等事務。
水軍練兵司，負責水軍新兵專業訓練。
水軍軍儲倉，負責保管水軍軍用物資等。
軍法寺：負責審理決斷軍中刑罰，在職將士犯法全部交由軍法寺審理判決。
軍法寺由一名軍法寺卿掌事，正二品；軍法寺少卿兩人，正三品；軍法寺丞五人，正四品等輔助管理。
寺正人數不定，正五品，主掌案件審理判決。
軍法評事官，正七品，協助寺正審案。
軍法寺主薄，正八品；錄事，從八品；司直，正九品；軍獄丞，正九品；各司務，從九品。
軍法寺下設軍獄，由軍獄丞管理，負責看管關押違法將士。
另外如今的京畿軍隊設定過於繁瑣，應該進行合併重組。
將守衛皇城，皇宮和東宮的軍隊合併為一，改稱錦衣衛，設錦衣衛南衙和錦衣衛北衙，各由一位錦衣衛指揮使掌軍。
錦衣衛指揮使正三品，其下設，指揮同知從三品，指揮僉事正四品，鎮撫使從四品，千戶正五品，副千戶從五品，百戶正六品，試百戶從六品，總旗正七品，小旗從七品。”