果安子孫等，均處以流刑。其中，唯不見紀大人下落，故未被列入懲罰之內。
8月27日，論功行賞，獎賞戰功人員。
9月初旬，大海人皇子由不破宮啟程，經由桑名、鈴鹿、阿閉、名張，12日，抵達大和，9月15日，移居岡本宮。
此後大海人皇子于飛鳥淨御原宮即位，稱天武天皇。。
天武天皇登基之後，也有過一番作為，首先便是改革官僚機構，畿內出身者供職宮中者首先作大舍人，之後再根據其才能酌情授與官職，同時這個大舍人的資格不僅屬於官吏，也向庶民開放。
天武天皇一直實行皇族專權的皇親政治，沒有置大臣之職。與此相對的，在行政機構方面也設立太政官和大弁官並立，授與上層官僚貴族無實權的“納言”一職，天皇的命令主要透過大弁官向地方傳達。
還有，天武天皇統治期間，徹底的實行皇親政治，天武天皇即位伊始，集眾書生於川原寺，修纂經文，於次年任命大來皇女為伊勢齋王，恢復齋王制。從天武朝開始有新嘗祭和大嘗祭的區別，這些都保持到了現在。同時營造高市大寺，建造藥師寺，以承父親舒明天皇之遺願。
除了修建飛鳥淨御原宮之外，天武天皇在難波也建造了宮殿。這個難波的宮殿是仿效大唐等國的復都制所建的陪都。藤原京的建造也是開始於天武天皇時代。
天武天皇四年，天武天皇宣佈廢除氏上民部、家部之制。凡親王以下諸臣、寺社所有“山澤島浦，林野陡地”，一律收公，解放部曲為“自由之民”。廢除部曲制，旨在切斷民部、家部對氏上的從屬關係，轉而使之加強與皇室的聯絡，這是削弱貴族勢力，提高皇權的重要步驟之一。
同年，天武天皇還頒佈了肉食禁止令，從每年農曆的5月3日開始到10月27日之間保護幼魚、禁止食用五畜之肉。之後的日本除了愛吃魚肉和海產品之外漸漸養成了不吃畜、禽肉的習慣，直到明治維新之後才有所改變。
同年10月，天武天皇准許諸王以下初位以上的皇族、大臣擁有兵備。
在原本的歷史上，新羅統一了朝鮮半島之後，當即派遣使者來到日本，天武天皇也向新羅派遣遣新羅使，與新羅保持外交聯絡，因此與當時同新羅對立的大唐斷絕外交關係。同年，天武天皇規定畿外的人也可以入京作官，首先作為兵衛負責宮城的警護。
天武天皇七年，天武天皇制定官吏的勤務評定和官位升進相關的考選法。同年，天武天皇整頓食封，凡諸王、諸臣食封，“除以西國，相易給以東”，透過移封削弱貴族在地方的勢力。
天武天皇八年，巡幸吉野時，為避免發生皇位繼承之爭，即曾召草壁皇子、大津皇子、高市皇子、川島皇子、忍壁皇子等皇子，對天地神祇盟誓，不分嫡庶，效忠天皇，永不悖忤，和衷共濟，千載安寧。
天武天皇九年，天武天皇規定貴族享有食封“先後限三十年”。
天武天皇十年，天武天皇於廣瀨野設行營，親王以下群卿參加兵備檢閱。同年，天武天皇命慄田真人、伊吉博德編纂《飛鳥淨御原令》，第二年8月完成，令共二十二卷，律未完成。
此外，在孝德朝、天智朝開創的律令體制，因受地方豪族抵。制，長期未能實行，至天武朝始逐漸在全國推行。天武朝也並非依靠**皇權推行律令體制，主要是由於地方豪族勢力日趨衰落，加之，律令制本身並不完全否定豪族對其屬民的支配權。實際上，國家只是從制度上使部民、家部變為“公民”，而且，依然是依靠地方豪族保留對其屬民的一定隸屬關係而實現其統治的。由於豪族的階級分化，致使其統治區域內的實權逐漸轉入中小貴族手中，有可能使中央權力介入。。由於實行五十戶一里制，當地貴族原有的傳統利益仍可維持原狀