剖腹的開始盛行，是在鎌倉幕府以後，因丟失陣地而引咎剖腹，或恥於被擒而陣前剖腹，佔了絕大多數，一直持續到戰國時代。江戶開幕以後，社會統治相對平穩，因殉死而剖腹，和作為刑罰的“詰腹”，逐漸佔了主流。雖然幕府嚴令禁止殉死，但是根本無法阻止這一歷史性的趨勢。
在日本封建時期武士如被主君賜死，相比起純粹的斬首，剖腹被視為最光榮的死法。剖腹到江戶時代才得以形成過程洗練、並由介錯輔助的複雜儀式。
在日本戰國時代至江戶時代初期，剖腹者並沒有介錯人協助，會直接於腹部割開十字形狀，內臟爆裂流出，直至失血過多死亡。這種剖腹方法稱為“十文字切”。
最後使用十文字切方式自殺的，是1912年的乃木希典。完成辭世之句，剖腹自殺。二戰結束之日，日本陸軍大將阿南惟幾就是採用切腹的方式結束了自己，但死時極為痛苦，成為戰後第一個以切腹方式自決的日本高階將領，可見武士道精神在日本人心中是何等的根深蒂固。
剖腹自殺這種變態的方式提前出現，自然也是天草四郎傑作，為了能夠徹底的掌控復的大權，當初頗有些聲望的老人，自然就成了他的絆腳石，完不成任務，或者被定義為違逆神明意志的人都要被處死，而處死的方式則是切腹。
甚至為了增添自己的神秘感，天草四郎還將切腹賦予了特殊的意義，他宣稱，人的靈魂是宿於肚腹中的，因此，身為一名武士以切腹的方式結束生命，則是將自己的靈魂向外展示，以達到維護自己榮譽的目的。
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天草四郎，甚至還將這種殘忍的自殺方式，變得系統化，規定剖腹自殺者必須穿著莊重服裝，用來剖腹的刀或劍放在他正前方。刀可能用特別的布料墊著。武士會作死亡的心理準備，例如寫作稱為辭世之句的詩歌。
待他和身旁的介錯人助手準備好，剖腹者會揭開身穿的和服，拿起刀劍，捅進自己腹部。剖腹者首先從左至右的切割，然後作稍微向上的第二刀，讓其腸臟溢位。切出第二刀之時，介錯人進行抱首，即揮刀向剖腹者的脖子斬下，但不完全斬斷，讓頭和脖子仍有一絲牽連。由於這一刀要非常精確，介錯人一般要求是劍術高手。
由於天草四郎神使的名分，所以由他提前發明的這種切腹自殺的方式，也被那些瘋狂崇拜天草四郎的年輕人們認為是光榮赴義。
切腹雖然是很痛苦的，事實上這種痛苦也是刻意要造成的。切腹者要用一刀以上，切開自己的腹部。由於自己除去內臟過於可怕，所以切腹的方式最後做了修改，變成由切腹者自己劃上一刀。第一刀切開腹部之後，由朋友或可信賴的人立即補上慈悲的一刀，砍下切腹者的頭。這種來擔當補刀的行為的人稱之為介錯，擔任介錯的人是非常的榮幸的。
復那些元老切腹自殺的時候，擔任介錯的就大多是新選組的人。
在聽到山田左馬介說到完不成任務的後果之時，沖田總司顯得不屑一顧，嘲笑道：“切腹是一個武士最高的榮譽，如果完不成任務，本人自當切腹，以報答神使大人的信重，怎麼？難道山田大人害怕了嗎？”
山田左馬介聞言，面色頓時一變，拳頭攥的越發緊了，他可不認為切腹有什麼可光榮的，當初他可是眼看著那些老朋友一個個的以這種殘忍的方式離開人世的，光榮？光榮個屁！你們也試試看啊！
不過現在，可不是鬧內訌的時候，一想到玩不成任務的下場，山田左馬介就不寒而慄，他之所以能活到現在，就是因為謹小慎微，他可不會拿自己的性命開玩笑，雖然早就已經做好了為國家殉難的準備，但是他也不想讓自己死的這麼沒有意義。
“我不想和你們爭吵，如果你們有更好的辦法，我當然願意聽取你們的意見，但是前提是，我