遂以慕容恪為監國太宰，總領朝政。以上庸王慕容評為太傅，副贊朝政；以陽騖為太保，慕輿根為太師，參輔朝政。
東晉朝廷因為丟了兩淮的大片土地，一直耿耿於懷，得知慕容俊已死，又想北伐，但卻選不出可以統兵的大帥，最後還是不得不命桓溫北伐。桓溫卻道：&ldo;燕國最可懼的不是慕容俊，而是慕容恪，有他在，不可伐。&rdo;東晉朝廷這才極不甘心地暫時放棄收復兩淮的打算。
慕輿根和弟弟左衛將軍慕輿幹欲獨掌朝綱，排斥慕容恪，於是先假意擁慕容恪稱帝，遭到拒絕後，跑到太后那裡說慕容恪有稱帝之心，要請詔命誅殺慕容恪。太后可足渾氏不知所以，點頭同意，但年僅十一歲的慕容堅決反對，表示自己信任慕容恪。慕輿根兄弟的陰謀失敗。兩個人遂決定孤注一擲，帶領禁軍發動兵變。慕容恪早有防備，帶領自己的軍隊很快撲滅兵變，將二人滅門。
到了第二年，燕國和晉國又起戰事。起因是河內太守呂護投降東晉，被東晉拜為冀州刺史。慕容恪遂帶軍八萬去攻河內（今河南武陟西南）。呂護一面守住城池，一面向東晉求援。東晉本打算派兵去援，但再一次遭到桓溫的反對。桓溫認為黃河北岸不可守，建議呂護帶兵南歸。這時晉穆帝突然病亡，死時年僅十九歲。因為晉穆帝沒有兒子，遂以晉成帝司馬衍的兒子司馬丕繼承皇帝位，改元隆和。晉廷這麼一亂，就顧不上派兵了。結果呂護讓燕國軍隊整整圍了半年多。呂護等人餓得夠嗆，最後餓得實在受不了了，帶兵突圍，被慕容恪所擒。慕容恪並沒有為難呂護，而是授他為寧南將軍，並為城中百姓和士兵供給糧食，呂護深受感動，表示自己願意為燕國立功贖罪。
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