劉裕十分孝順，對繼母也畢恭畢敬，但因為家裡實在是太窮了，快四十了也沒有找到媳婦。劉裕又很喜歡賭錢，欠下賭債不能還時，曾被尚書令刁協的孫子刁逵綁在馬樁上示眾。正好王導的孫子王謐路過，見劉裕有成大器的面相，便替他還了賭債，並且時常資助他。王謐還經常對別人說：&ldo;從劉寄奴的面相和骨骼上來看，他一定會成為一代英雄，你們不要慢待他。&rdo;別人聽了都把這當成是笑話。
孫恩造反的時候，鎮北將軍劉牢之招兵平叛，劉裕便去投軍。劉牢之見了劉裕，也很喜歡他。讓他練幾下看看，果然武藝不錯；又和他談了談打仗行兵的事，劉裕也說得頭頭是道。於是劉牢之破格提拔劉裕為參軍。
劉牢之透過劉裕的情報，在錢塘江的西面尋找到孫恩的主力軍，很快擊敗孫恩，孫恩撤到錢塘江東岸繼續據守。這時高素領一支兵馬從孫恩背後襲擊。高素就是勸說劉牢之起義反王恭的那個人。孫恩急忙回擊，劉牢之趁勢攻過河去，與高素合擊孫恩。孫恩大敗，逃回到會稽固守。
這時謝琰的另一支軍隊已經收復了義興、吳興諸郡，分出一支兵馬由司馬高素帶來幫助劉牢之。劉牢之於是命令高素率本部開往餘姚，斷孫恩後路。自己率其餘軍隊全力進攻會稽。孫恩和盧循知道孤城難守，便棄城逃回海島。三吳叛亂遂平定。
桓玄稱帝
劉牢之回軍京口，謝琰則被任命為會稽太守，戍守沿海，以防備孫恩再次上岸。司馬元顯被封為中軍將軍、錄尚書事，一時成為朝中權臣。司馬元顯也是個貪財之人，利用權力四處經營，很快成為豪富之戶；他又掌握著百官的升遷貶降，百官都對他十分恭敬，甚至公卿以下的官員見到司馬元顯都要行叩拜大禮。司馬元顯既奢侈貪利，又驕橫跋扈，東晉朝政並沒有比他父親掌權時好多少。
謝琰鎮守會稽，武備鬆弛，對孫恩並不加防範，有人建議他好好整練隊伍，加強工事，鞏固海防。謝琰笑道：&ldo;孫恩不過是個海盜，敗逃入海，如果他再敢上岸，那是自尋死路。&rdo;
不久，孫恩又率眾登陸，由浹口（在浙江鎮海，甬江入鄞縣境經招寶山腳入海為大浹江，入海處曰大浹口）攻入餘姚，又攻破上虞，乘勝進軍會稽。眾將請出兵設伏，伏擊孫恩。謝琰道：&ldo;和這些烏合之眾打仗，還用費腦子想這多機謀麼？&rdo;於是隻讓將士留城中等待，一直等到孫恩兵臨城下後，謝琰才帶兵出擊孫恩的軍隊，孫恩大敗而逃。謝琰帶兵一路掩殺，孫恩軍隊許多人來不及登船都被殺死在岸邊。孫恩帶另一支軍隊從一條塘路逃跑，謝琰沿塘路追擊。孫恩事先沒有調查過地形，並不知道這條塘路是越走越窄。結果前面的軍隊擠成一團，後面的軍隊又收不住腳，前推後擠，擁作一團，甚至時有官兵落水。孫恩的一些已經上了船的軍隊本來正準備逃跑，見了這情況後便把船開回來，直開到塘路兩側，向官軍射箭，被擠在中間的官軍無路可逃，大多中箭而亡。謝琰帶殘兵撤退。逃跑的孫恩又轉回頭來追，謝琰一直逃到千秋亭，被孫恩的部將張猛趕上，謝琰不敵，於亂軍中被殺，他的兩個兒子謝肇和謝峻也都戰死，手下部隊全部被打散。孫恩再一次佔據會稽。
司馬元顯急派冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終、寧朔將軍高雅之三路去攻會稽。三路軍馬很快被孫恩打敗。司馬元顯只好再一次派劉牢之率北府兵進攻會稽。孫恩一聽劉牢之來了，不敢迎戰，放棄會稽，乘船退回海中。
劉牢之得知孫恩棄守，冷笑道：&ldo;孫恩一定不會罷休，他肯定是去進攻海鹽，海鹽空虛，必須儘快去救！&rdo;當下撥給劉裕騎兵一千，日夜兼程趕到海鹽。
劉牢之不愧為東晉名將，事實正如他預料的一樣，海鹽令鮑陋剛把援軍劉裕迎進城來，孫