盧循的艦隊開到建康以後，先是直奔新亭，在城頭觀望的劉裕不由大驚，接著盧循的艦隊又轉向西岸，停在蔡洲，劉裕又是一喜。旁邊人不理解，問他為什麼先憂後喜。劉裕道：&ldo;如果賊兵從新亭直接殺進來，那我們根本擋不住他們，只能迴避，勝難料；現在賊兵卻回去停泊在西岸，那他們必將成為我的俘虜！&rdo;
其實徐道覆本來是命令艦隊殺進新亭的，但盧循卻嚇得大驚失色，急忙派人調徐道覆的艦隊回來。徐道覆對盧循道：&ldo;我們可以從新亭、白石壘一線登陸，然後燒掉所有艦船，破釜沉舟，激勵戰士，數路並進，劉裕必成為我們的俘虜！&rdo;盧循則擔心道：&ldo;我們的大軍還沒有到建康，不要急著決戰，等後面所有的部隊上來再說吧。&rdo;徐道覆一再請求，這次盧循卻堅決起來，就是不讓進兵。徐道覆沒有辦法，走出來後自語道：&ldo;這傢伙幹不成事，我終將為他所誤。如果我能為英雄賣命，就算是平定整個天下都算不了什麼！&rdo;
因為盧循的軍隊在路上先等徐道覆來援耽擱了一些日子，與劉毅打仗又被阻擋了一些日子，聽說劉裕在建康再猶豫了十多天，來到建康後又停在蔡洲不肯前進，又是十來天。這樣劉裕便得到了充足的時間來調集軍隊，首先北伐的軍隊趕了回來，接著各地勤王的軍隊也趕來了。盧循在蔡洲待了十多天以後，整個京城防線已經被晉軍防守得如鐵桶般嚴密。這時盧循再想進攻，根本就沒有機會了。他親率大艦去攻石頭城，哪裡能攻得下來。
徐道覆見強攻不成，便想了個辦法。他派老弱殘兵扮成精銳部隊乘大船向北，進攻白石壘，以吸引劉裕主力。因為白石壘也是江濱要害，劉裕留參軍沈林子與徐赤特守石頭城，自己帶著劉毅、諸葛長民率兵守白石壘。劉裕臨走時怕盧循乘虛攻石頭城，囑咐二將只可守城，不可出戰。
盧循見劉裕果然帶重兵去防白石壘，急令徐道覆去攻石頭城。徐道覆率軍先攻破石頭城前的查浦壘，查浦守將劉鍾退回石頭城。徐道覆焚毀查浦上的工事，乘勝進軍至張侯橋，並在張侯橋安營。他料到晚上晉軍必要偷襲，派秦用、範崇民、林儉、劉稷四將埋伏在外，留少數士兵守在營中。
石頭城的守將徐赤特當晚就要偷襲徐道覆的營寨。沈林子說主力都讓劉裕帶出去了，不可輕易冒險，況且劉裕也說過，只可守城，不可出戰，極力勸阻。徐赤特不聽，執意帶兩千士兵出戰。結果中了徐道覆的埋伏，全軍覆沒，只有他一個人逃回石頭城。徐道覆趁勢攻城，沈林子趕緊點火向劉裕報信求救。劉裕在白石壘望見訊號，命令參軍朱齡石率軍回援。徐道覆一時強攻不下，又見晉軍援軍到來，便帶兵撤退了。
劉裕回到石頭城後，問明情況，立斬徐赤特，並號令三軍：&ldo;三軍只需堅守，不許出戰！有違令者，以徐赤特為例！&rdo;
於是，晉軍堅守建康，從不出戰。盧循圍城兩個多月，沒有任何進展，不久軍糧出現問題。他派兵去建康周圍的丹陽、京口等城去劫糧，這些城池難以攻下，而城外的糧草都早就割光，收入城中。盧循沒了糧草，只好退兵，臨走時對徐道覆道：&ldo;我們去奪取荊州，仍能據有東晉三分之二的領土，還有實力和劉裕爭一爭。&rdo;徐道覆見事已至此，攻不能攻，守又無糧，只好派大將範崇民領精兵一萬守住南陵，以防劉裕從後掩襲，和盧循帶大軍退回潯陽。
晉將聽說盧循退兵，都向劉裕請兵追擊。劉裕道：&ldo;盧循並非戰敗，而且戰艦比我們的優良，水軍也比我們強，不可追擊。如果去追必中埋伏。&rdo;
劉裕遂在建康招募新兵，修建水寨，建造巨艦，訓練水軍，排演水戰，以增強自己在水軍方面的實力，以達到能和盧循水軍匹敵的程