匹、段疾陸眷、邵續、慕容廆、崔毖等冀北和東北的割據勢力也得到了司馬鄴被害的訊息，派使臣前來勸進。司馬睿假裝推託了幾日，然後在王導等人的極力勸說下，終於同意登帝位。
建武二年（318）三月丙辰日，司馬睿正式登基，是為晉元帝。司馬睿登基時還有一個小插曲，禮畢還朝時，司馬睿請王導和他共坐御床，一齊受百官的朝賀。王導嚇了一大跳，再三拒絕，司馬睿才沒有堅持。但&ldo;王與馬共坐天下&rdo;的話，從此為天下人所用。
司馬睿追諡幼帝司馬鄴為&ldo;晉愍帝&rdo;，立司馬紹為皇太子，加封王導為驃騎大將軍，開府儀同三司，王敦為江州牧，授李矩為司州刺史。所有文武都有封賞。
同在這一年，遼西公段疾陸眷病卒，段氏鮮卑發生內亂，祖逖的好友，晉末英雄劉琨被害！
段疾陸眷病卒後，因為他的幾個兒子都還年幼，遂由段疾陸眷的叔父段涉復辰繼大單於位。段匹和劉琨的兒子劉群領著幾千人馬前往遼西為哥哥奔喪。
段疾陸眷的堂兄弟段末柸對段涉復辰道：&ldo;我看段匹並非是為奔喪而來，而是來篡位的。&rdo;
段涉復辰一想也是，段匹是段疾陸眷的親弟弟，也有資格繼大單於位，自己繼了侄兒的位置，段匹不滿是有可能的。而且奔喪就奔喪吧，你帶幾千人馬乾嗎。必是篡位無疑。於是問段末柸怎麼辦。
段末柸道：&ldo;這很簡單。兵來將擋，水來土掩。叔叔已經是大單於了，難道還要把這個位置讓給他不成？您派大軍去擊敗段匹即可。&rdo;段涉復辰於是派十萬精兵去阻截段匹。這十萬兵剛走出去一天，段末柸就在京城發動了兵變，殺死段涉復辰，並殺盡段涉復辰的兄弟子侄及其黨羽，自命大單於。派人將十萬精兵收回，重新整兵之後，再來戰段匹。
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