桓溫道：&ldo;我也在為這事兒發愁呢，你說怎麼辦？&rdo;
郗超道：&ldo;伊尹放逐太甲，霍光廢黜昌邑。明公要立大威信，使四海信服，也應當學習他們。&rdo;
&ldo;我早有此心，可是皇帝沒什麼過錯，我找什麼理由廢掉他呢？&rdo;
&ldo;沒什麼過錯，就給他找出點兒過錯來。宮門深幽，最能讓人相信的是床笫方面的事。您可以說皇帝陽痿，他的兒子全部是他的寵臣相龍、計好、朱靈寶等參侍內寢的大臣所生。僅憑此一件事，必可廢掉他！&rdo;
桓溫大喜，先派人去造謠，等朝野之間傳得沸沸揚揚的時候，桓溫帶兵入京，對褚太后說，因為皇帝有痿疾，要廢掉皇帝。
太后大驚：&ldo;不會吧，那為什麼有田氏和孟氏為皇帝生有三男？&rdo;
桓溫假裝吃驚道：&ldo;您沒聽說麼？現在朝野都知道，這三個孩子是皇上的寵臣相龍、計好、朱靈寶等所生。此三臣經常和皇上在一起，甚至夜不出宮，這事很有可能。&rdo;
太后被桓溫也給弄懵了，遂道：&ldo;那就憑你處置吧。&rdo;
桓溫從太后那裡誆到了太后懿旨，遂廢司馬奕為東海王，另立相王司馬昱為帝。朝中百官並非沒有反對的，但桓溫帶兵入朝，殺氣騰騰，哪個敢說半個不字。桓溫廢掉司馬奕後，把田氏、孟氏及其所生的三子殺掉，相龍、計好、朱靈寶也被滿門抄斬。司馬奕被強迫離開都城，遷到吳縣西柴里居住。司馬奕害怕桓溫暗害自己，竟然不敢讓自己的妻妾懷孕，每日只是飲酒睡覺，忍辱求生。
桓溫廢立晉君之後，回到姑孰，把郗超留在京中把持內政。司馬昱被推上皇位後的第二年即病亡，年五十二歲。司馬昱臨終遺詔稱：&ldo;大司馬桓溫依周公居攝政事。少子可輔者輔之，如不可，君自取之。&rdo;意思是由桓溫來控制朝政，如果桓溫願意，也可以取而代之當皇帝。
司馬昱之所以下這樣的詔書，是怕桓溫將來篡位加害自己的子孫，乾脆從法律的形勢上確定桓溫當皇帝的合法性，這樣桓溫也就用不著加害他們了。但侍中王坦之堅決反對，甚至把司馬昱的遺詔撕得粉碎。
司馬昱嘆口氣道：&ldo;天下，本是我祖無意中得來的，你又何必阻止呢？&rdo;
王坦之反駁道：&ldo;天下是宣帝、元帝的天下，皇上您又憑什麼讓給他人呢？&rdo;
在王坦之的堅決要求下，司馬昱又改遺詔為：&ldo;家國事一稟大司馬，如諸葛武侯、王丞相故事。&rdo;就是說只給予桓溫相當於三國諸葛亮一樣的權力。桓溫並沒有擅斷朝政的權力。
司馬昱死後，朝臣不敢立新皇，要去向桓溫請示。謝安、王彪之、王坦之堅決按照司馬昱的遺詔，擁太子司馬曜即皇帝位。
郗超憑自己在朝中的力量沒辦法阻止三人立新君，於是跑到桓溫那裡告狀說：&ldo;本來司馬昱並無此遺詔，您可以趁此機會控制朝政，甚至得到皇位。但這樣的好事全讓謝安、王彪之和王坦之給攪黃了。&rdo;
桓溫也非常失望，聽了郗超的話，立刻以覲見新帝的名義，帶大軍去京城。大軍到了京城南十二里地的新亭，然後請謝安和王坦之出城來見，並埋下伏兵，打算一言不合，便把二人殺掉，然後帶兵入京，強行奪權。
謝安、王坦之是司馬昱遺詔中三位顧命大臣中的兩個，如果除掉此二人，或者把此二人爭取過來，桓溫便可在朝中為所欲為。太后及百官包括王坦之都很害怕，只有謝安道：&ldo;晉朝的存亡，在此一行。&rdo;
謝安和王坦之到了新亭，只見桓溫大軍兵營整肅，殺氣騰騰，隨行人都