劉邁不慌不忙道：&ldo;射鉤斬祛，並邁為三。&rdo;射鉤是一個故事，春秋時齊國公子糾與小白爭做國君。管仲輔佐公子糾，所以用箭射小白，結果沒有射死小白，只射中小白的帶鉤。後來小白成為國君（即齊桓公），不計前仇，任管仲為相，遂為霸主；斬祛又是一個小故事，晉公子重耳（後來的晉文公）出逃到翟國，晉獻公派出寺人披追殺他，也沒殺死重耳，只是在重耳翻牆的時候斬下了重耳的衣袖。重耳後來也不計前仇，赦免了寺人披。重耳後來也成為霸主。劉邁的意思是你桓玄就是將來成霸業的人，我則是歷史上第三個被霸主原諒的人。這是一種很高階的拍馬屁方式。桓玄聽了非常高興，當即也給了劉邁一個參軍的官做。
劉牢之被桓玄任命為會稽內史。劉牢之一聽這個任命非常吃驚：&ldo;這不是要奪我兵權麼？看來大禍將至！&rdo;於是召開緊急軍情會議，商討征伐桓玄。參軍劉襲道：&ldo;人世間最不應當做的事那就是反。將軍先反了王兗州，後又反了司馬郎君，今天又要反桓公。像你這麼反來反去的人，根本沒有自立的根本！&rdo;說完話就走了。劉牢之手下的絕大部分將佐也紛紛離開了他。
劉牢之的軍隊就這樣垮掉了。他只好帶劉裕去投奔廣陵的高雅之。劉裕勸他說：&ldo;你去了廣陵也逃不出桓玄的手心啊。我呢，也要脫下戎裝，換上常服，回京口做老百姓了。&rdo;也告辭走了。何無忌問劉裕：&ldo;你們都走了，我該怎麼辦？&rdo;劉裕說：&ldo;我估摸劉鎮北一定不免一死，你可隨我一起回京口。&rdo;何無忌本是劉牢之的外甥，他猶豫了半天，最終還是告辭了劉牢之，也走了。
劉牢之這才開始害怕起來，帶著沒有將校只有士兵的軍隊向北撤退，等撤到新洲的時候，他計程車兵也跑得精光。劉牢之覺得自己太丟人了，太窩囊了，太愚蠢了，前途也很黯淡，未來沒有希望，就解下腰帶找了棵樹上吊死了。劉牢之無德無信無威，竟然也想爭天下做皇帝，結果下場很慘。
劉牢之的兒子劉敬宣不久趕來，他把父親的屍體裝殮後，送回丹徒老家。桓玄派軍隊趕到，劉敬宣來不及掩埋他的父親，匆匆渡江，北逃到廣陵，與高雅之、司馬休之一起投奔了南燕。桓玄命令劈開劉牢之的棺材，砍下首級，把屍體扔到野外曝屍。又到處懸賞捉拿劉牢之的黨羽，殺戮北府軍將領。輔國將軍袁虔之等北府將領逃往長安，投奔後秦。姚興任命袁虔之為大司農，並問他：&ldo;桓玄才略和他的父親比起來怎麼樣？他能不能成功？&rdo;袁虔之道：&ldo;桓玄名為晉臣，實為晉賊。此人好猜忌，賞罰不公。我看比他的父親差遠了。桓玄既然已經執掌朝政，將來肯定篡逆。但他沒有命世之才，斷無成功道理，遲早要完蛋。&rdo;
孫恩被困在海島，得不到大陸補給，過得很是辛苦，幾次帶兵進攻東晉，但每回都被打了回去。孫恩感覺前途無望，投水而死。一些家屬和信徒也跟著投水自殺。但事後仍然有很多人迷信他，不相信他會這麼容易就死去，稱這些投水的人為&ldo;水仙&rdo;。孫恩死後，還留有七八千教徒，於是大家又推孫恩的妹夫盧循為首領。盧循遂向桓玄請降，桓玄剛剛執掌朝政，也不願意國家有事，所以就接受了盧循的投降，任命他為永嘉太守。盧循接受任命後，依然儲存實力，並在這年五月，再次舉兵起義。桓玄派去鎮壓的軍隊連連失敗，桓玄很為這事心煩。桓修建議起用劉裕。桓玄說：&ldo;劉裕是劉牢之的老部下，我擔心他執掌兵權後對我不利。&rdo;桓修說：&ldo;當年劉牢之要帶兵攻打你，劉裕沒有跟隨他，而是解甲歸田，可見這個人和劉牢之也沒什麼太深的交情。後來我一直用他做我的中兵參軍，我們相處時間也很長，我看他對你並無