到了建康，王謐率京中百官出城來迎。劉裕入城後派劉毅率何無忌、劉道規等率一萬水軍繼續追剿桓玄，又把城中沒來得逃走的桓氏宗族餘黨全部殺死。有人向劉裕告發說：&ldo;王謐幫助桓玄篡位。當年桓玄篡晉時，王謐還親手解下晉帝的璽綬。&rdo;
王謐當年從刁逵手中救下劉裕，後來不但一直資助劉裕，還激勵他事業上進，劉裕一直記在心裡，把王謐當做恩人，所以對這件事睜一眼閉一眼，並沒有去加罪王謐。劉裕執掌朝綱後，到處尋求人才，先後重用劉穆之、胡籓、臧熹等人，又整理綱紀，打擊豪強，嚴肅法律，穩定了社會。
不久諸葛長民也回來了。原來，諸葛長民被押到當利口的時候，傳來訊息，桓玄敗出京城。押送諸葛長民計程車兵也起義反對桓玄，開啟囚車放出諸葛長民等人，諸葛長民又潛回到歷陽，發動兵變。刁逵在兵變中失敗，棄城而走，後來被其部下擒回，反被諸葛長民用檻車押送到京城。劉裕以前被刁逵欺負過，所以連審都沒審，就讓人把刁逵殺了。
擊敗桓玄入京後，按道理應當封賞功臣。但皇帝不在了，封官的事就只好互相推選吧。王謐和大家推舉劉裕為揚州刺史。劉裕一再拒絕，最後以王謐為侍中，領司徒，揚州刺史，錄尚書事。大家又推舉劉裕為使持節，都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事，徐州刺史，推選劉毅為青州刺史，何無忌為琅琊內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守，諸葛長民為宣城內史。劉敬宣和司馬休之聽說劉裕打了勝仗，起義成功，也從南燕回國。畢竟劉裕當年是跟著劉牢之混起來的，看在劉牢之的面子上，劉裕讓大家推選劉牢之的兒子劉敬宣為晉陵太守，又任命司馬休之為會稽內史。
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