司馬休之認為自己沒有這個實力，所以沒同意。司馬文思就聯合兩個弟弟在京城準備起事，結果被劉裕捉住。劉裕把司馬文思送給司馬休之讓他處理，又把司馬休之的另兩個兒子司馬文寶和司馬文祖羈押在京中。司馬休之上表請廢掉司馬文思，並寫了一封長長的道歉信，請劉裕原諒。劉裕一直想找理由除掉司馬休之，所以他把司馬休之的兩個親生兒子當成了激怒司馬休之的工具。等滅了盧循和徐道覆，又把西蜀平定之後，劉裕便利用閒暇時間把司馬休之的兩個親生兒子給處死了。
司馬休之聽說兒子被劉裕處死了，這個好脾氣人氣得都快瘋了。加上劉裕故意放回去的那個暴躁性子的司馬文思的攛掇，司馬休之立刻上表稱劉裕是奸臣，把持國政，專權擅斷，整起兵馬討伐劉裕。
劉裕要的就是這個結果，他當即帶軍去滅司馬休之。但不防雍州刺史魯宗之也帶著兒子魯軋起兵幫助司馬休之。這支軍隊從襄陽繞到劉裕的後路，襲擊了劉裕部隊儲備物資的地方。劉裕手下大將劉虔之被殺，糧草輜重被燒。劉裕的部將徐逵之所率領的另一支軍隊恰好路過，急忙前來救援。但魯宗之很快撤走，徐逵之趕來的時候糧草輜重都被燒成灰燼。徐逵之率軍追擊魯軍，又被魯宗之設伏擊敗，徐逵之、王允之、沈淵子等大將連同數千士兵被殺。只有蒯恩率後軍逃出。魯宗之遂和司馬休之合兵一處，由魯軋和司馬文思負責長江北岸防務。
劉裕吃了一個敗仗很不甘心，遂率大軍強行渡江，但魯軋和司馬文思在北岸修築了工事，加上江岸天然陡峭高聳，易守難攻。劉裕的每次進攻都被對方擊退，死傷無數，就是不能踏上北岸一步。劉裕打紅了眼，把盔甲穿上，拿起刀來就要往外沖，主簿謝晦抱住劉裕的大腿死也不放，劉裕說：&ldo;你再不放手我殺了你。&rdo;謝晦也道：&ldo;天下可以沒有謝晦，但不能沒有你。&rdo;劉裕當然不能殺謝晦。這時胡藩帶一支生力軍前來，向劉裕報到。一進帳見謝晦和劉裕兩個人扭作一團，驚道：&ldo;這是怎麼回事？&rdo;謝晦急忙把剛才的事一說。胡藩道：&ldo;這個強攻的事交給我吧。&rdo;
劉裕很信任胡藩，於是便派胡藩去強攻。胡藩帶著人不要命地向北岸沖，以極大的傷亡代價終於把司馬文思的防線沖開一道口子。劉裕的後軍緊跟著衝上，魯軋、司馬文思抵擋不住，只得退守江陵。
劉裕追到城下，集中兵力再攻江陵。司馬休之和魯宗之守了十幾天後，便守不住了，棄城向北逃到襄陽。但襄陽守將李應之已經投降了劉裕，閉起城門來不讓他們進城。他們只好帶著敗兵向後秦撤退。這時王鎮惡率一支部隊急速趕來，眼看就要被追上，後秦派司馬國璠率軍接應。王鎮惡遂退兵不追。
劉裕趕走司馬休之後，上表皇帝封親弟弟劉道憐為驃騎大將軍、荊州刺史，以親信趙倫之為雍州刺史。而劉裕則獲得&ldo;劍履上殿，入朝不趨，贊拜不名&rdo;的資格。這三個資格是什麼意思呢？
第一個&ldo;劍履上殿&rdo;的意思是上殿的時候可以穿鞋和帶劍。帶劍上殿好理解，可穿鞋上殿又算是什麼特權？其實在秦漢時期，鞋被認為是不潔之物，是不能帶入屋子的，進屋要脫鞋，進大殿同樣要脫鞋。也就是說，大臣們上朝和皇上談事，都要在進殿時脫掉鞋子，光著腳丫子走進去。《禮記?曲禮》中還提到，和長者在堂上坐的時候，必須將鞋子脫在臺階下。而且解繫鞋帶的時候，不可以正對著臺階。將要走進屋子的時候，一定要低頭看看。如果看到室外有兩雙鞋，就證明堂上有二或三人在交談，所以後來者要大聲詢問一下，告知堂上的人知道又有人來了，在得到堂上之人的回答後，才可入內。另外，帶劍上殿也是有講究的。雖然帶劍上殿是給予大臣一種特殊的尊貴身份，但