刻碎之政&rdo;。在太興元年（318）一年之內，司馬睿兩次下詔整飭吏治。第一次在三月，詔書一面對清靜為政加以肯定，一面又表示要懲辦不法官吏。第二次下詔在七月。司馬睿的語氣十分嚴厲，除命令各級官吏&ldo;祗奉舊憲，正身明法，抑齊豪強，存恤孤獨，隱實戶口，勸課農桑&rdo;外，還要求&ldo;州牧刺史當互相檢察，不得顧私虧公。長吏有志在奉公而不見進用者，有貪惏穢濁而以財勢自安者，若有不舉，當受故縱蔽善之罪；有而不知，當受塞之責&rdo;。他還親自下令處決了桂陽太守程甫、徐州刺史蔡豹等幾個違制的官吏，其中程甫是王敦的親信。
由於東晉政府的絕大部分軍隊都掌握在各地的軍政首領和當地豪強手中，司馬睿迫切地需要擴充能為自己所用的軍隊。他下詔免除豪強手中奴與客的卑賤身份，使他們成為平民，為自己籌得兵源，削弱了士族地主私占人口的權力。
許多望族豪強公開反對晉元帝司馬睿的做法，王導和王敦也對他們表示支援。而晉元帝則拿這批根基很深的人沒有辦法，他沒有一個有效的辦法來除掉這個盤根錯節，勢力深厚的上層士族。
雖然懲治貪官對國家對人民是有好處的，解放奴隸對國家對人民也是有好處的，但司馬睿當時既沒有完全掌握國家權力和建立絕對威信，也沒能夠、沒能力迅速地清洗掉高層官吏，換上得心應手的人。司馬睿的這些措施使許多大族蒙受損失，引起他們普遍的怨憤，因而一大批居於高層的官吏倒向了琅琊王氏家族。以至於在王敦反叛時，所有有勢力計程車族都靜觀其變，袖手旁觀，晉元帝完全依靠自己剛剛建立不久的新軍以及新提撥起來的一批年輕軍官和久經沙場的王敦作戰。而王敦手下的大將都是在戰事中歷練出來的，他手下的兵也是打了無數仗的老兵，對付晉元帝當然是小菜一碟。
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