王恭經過考量之後，接納了二人。
其時，晉帝司馬曜剛薨逝不久。掌控朝廷的司馬道子對皇帝被謀殺之事卻輕描淡寫，沒有追查兇手。
並且，他扶持了弱智的司馬德宗繼位。明顯是為了方便自己掌控。
王恭決定發起第二次“清君側”行動。
他聯絡荊州刺史殷仲堪、雍州刺史楊佺期，商量起兵。二者欣然贊成。
王恭手上有當世最厲害的“北府軍”，首領是劉牢之；殷仲堪地盤上有當世第二厲害的“荊州兵”，首領是桓玄。
劉牢之的北府軍是謝安、謝玄父子一手扶持起來的。前身是北方南下流民組織的“乞活軍”。
桓玄乃桓溫之子，一心想實現父親未竟心願。他掛名廣州刺史，委身屈居荊州刺史地頭，只因這裡是他老子的大本營，便於他合法招募、訓練出自己的軍隊。形成自家謀事的本錢。
他做到了這點：荊州兵人數10萬，有水軍和陸軍各5萬，訓練有素。戰力僅次於北府軍。
王恭、殷仲堪舉旗，劉牢之、桓玄出兵，看起來司馬道子父子毫無勝算。
但，司馬道子父子二人卻非等閒之輩。父親司馬道子不到40歲，卻老奸巨猾；兒子司馬元顯不到20歲，卻智勇雙全。
他們再次使用釜底抽薪這招。
而且，這次更狠！
他們不是抽自家釜底之薪，而是搬敵人家鍋灶：開出對方難以抗拒的條件，策劃劉牢之、桓玄反叛。
結果，劉牢之臨陣反戈，擒拿王恭，送交朝廷。
王恭隨即被斬殺。
桓玄擊殺殷仲堪，收容其所有軍隊。
桓玄被朝廷任命為都督荊、江、司、雍等州諸軍事，同時兼任荊、江二州刺史。
桓玄一躍而成東晉顯赫地方大員。與司馬元顯地位有得一比。
劉牢之也得到他想要的權勢，接管王恭的兗、青、冀、幽等州軍務，封鎮北將軍。成為大軍區司令。
這一頓騷操作下來，司馬道子父子把控的朝堂變化不大，地方豪強則是完全換了臉孔。
心裡最苦的，要數孫恩、盧循二人。
兩人投靠王恭後，見到東家聯合殷仲堪、楊佺期，起兵征討司馬道子父子。而且陣營裡又有北府軍、荊州兵這樣的王牌軍。攻陷建鄴、誅殺仇敵之期指日可待。
哪知形勢急轉直下，起義軍轉瞬土崩瓦解。三位大員王恭、殷仲堪、楊佺期人頭落地。
孫恩、盧循見勢不妙，立馬再次乘船出海跑路。
二人決定，從此以後再也不要相信地方豪強。
二人乘船還是回吳地去。
他們打算先在海島上站穩腳跟，然後武裝教徒。
自己親自率領大夥來幹：造反！