馬整個部落全部投降了明軍，只有滿清的數萬人馬下落不明。
尤世威率領的五千大軍也包圍了希維爾斯克。希維爾斯克的守將是斯捷潘諾夫，而在希維爾斯克只有不到五百守軍。
尤世威的大軍將希維爾斯克三面團團圍住之後，當天便開始使用火炮轟擊。希維爾斯克只是一座木城，城池極小，在明軍火炮攻擊之下，俄國人死傷慘重，在近半天的火炮轟擊之後，俄國人死傷近三成。
斯捷潘諾夫乞降，遣使要求在保留武裝的條件下撤離希維爾斯克，但被尤世威拒絕。朱由校早有旨意，拒絕接受俄國人的投降。
第二日，明軍繼續使用火炮轟擊，希維爾斯克被明軍轟成了一片廢墟，斯捷潘諾夫被明軍火炮擊中，當天便殞命在希維爾斯克城內。剩餘的俄國人不得不開城無條件投降，希維爾斯克被明軍佔領。
在朱由校的旨意下，尤世威將投降的兩百多俘虜全部吊死在了希維爾斯克。
明軍攻佔希維爾斯克的訊息傳到雅庫茨克，雅庫茨克的長官戈洛文大為震驚，他完全沒想到明軍會主動出擊攻打俄國人的據點。戈洛文意識到接下來明軍可能大舉進攻俄國在西伯利亞的據點，他立刻決定向米哈伊爾三世彙報西伯利亞的情況，請求增兵。
大明這邊為了堵截滿清殘留在西伯利亞的人馬，明軍開始在勒拿河以西一連修建了十座木城作為據點。為了解決食物等問題，明軍再次在西伯利亞實施軍屯的制度，讓當地的駐軍實行自給自足。
明軍對滿清殘留的人馬圍追堵截，也取得了一定的效果，聶克塞率領的數萬民眾在明軍的圍追堵截之下，僅僅不到兩萬人逃過了勒拿河，逃入了俄國人的勢力範圍之內。其餘的人要不就死在了路上，要不就被明軍所俘虜。
六月初，尤世威統兵五千進攻位於勒拿河的雅庫茨克，孫祖壽統兵三千進攻位於勒拿河的奧廖克明斯克。而此時戈洛文請求增兵的公文還在前往莫斯科的路上。
六月十五日，孫祖壽的三千兵馬圍住奧廖克明斯克。而奧廖克明斯克的守軍也只有數百人。
六月十九日，尤世威的五千軍隊圍住日甘斯克這座木石混合結構的小城。
六月二十日，孫祖壽的火炮開始轟擊奧廖克明斯克。在下午時分，明軍組織了第一次強攻，但卻被守城的俄軍擊退。孫祖壽意識到奧廖克明斯克的守軍抵抗要比他想象中的頑強得多。
在第二日的進攻中，孫祖壽沒有再強攻奧廖克明斯克，而是充分發揮自己的火炮優勢，直到第三天，明軍才組織第二次強攻，但這次強攻依然沒有奏效。
孫祖壽知道在西伯利亞的俄軍數量極少，除了雅庫茨克的守軍過千之外，其餘的據點，守軍都只有幾百，而且尤世威已經開始攻打日甘斯克了，所以孫祖壽並不著急。
在奧廖克明斯克的戰鬥一直持續七天，孫祖壽才得以破城，破城之時，奧廖克明斯克的俄軍已經只剩下五十多人了。
而相對於奧廖克明斯克的戰鬥，日甘斯克的戰鬥要快得多，在孫祖壽拿下奧廖克明斯克當日，尤世威也奪取了日甘斯克。日甘斯克的戰鬥之所以如此順利，這主要是戈洛文意識到明軍可能會大舉進攻俄軍在西伯利亞的據點，他將日甘斯克的物資和人員大部分都抽調到了雅庫茨克。
七月初六日，尤世威的大軍布與城西，將戰船佈於城北，所有的火炮集中在城西北。而位於奧廖克明斯克的孫祖壽完全封鎖了勒拿河，一是避免位於基廉斯克的俄軍支援雅庫茨克，二是避免雅庫茨克的俄軍從勒拿河上逃跑。
七月初八，尤世威對雅庫茨克正式展開了攻擊，七十多門火炮一齊開火轟擊雅庫茨克，轟得整個雅庫茨克地動山搖。雅庫茨克的近十門火炮也展開了還擊。
“肖提督，有沒有辦法將