朱儁先與黃巾軍波才部作戰，失敗。皇甫嵩退守長社（今河南省長葛縣東北）。波才率大兵包圍城。
當時，城中兵少，眾寡懸殊，軍中震恐。皇甫嵩安慰部下，並打算使用火計。天遂人願，當晚大風驟起。
皇甫嵩命令將士紮好火把登上城牆，先派精銳潛出圍外，縱火大呼，然後城上點燃火把，與之呼應。皇甫嵩藉此聲勢，鳴鼓衝出。黃巾義軍缺乏戰鬥經驗，驚慌散亂，被迫後撤。
這時，曹操也奉命趕來，於是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘勝追擊。黃巾義軍頑強抵抗，數萬人慘遭屠戮。
接著，皇甫嵩又和朱儁一起乘勝鎮壓汝南、陳國地區的黃巾軍，並追擊波才、進攻彭脫，連連取勝，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，推功於朱儁，朱儁被封為西鄉侯，遷鎮賊中郎將。
當時南陽黃巾首領張曼成起兵，自稱「神上使」，擁眾數萬，殺郡守褚貢，屯駐宛城（今河南南陽）百餘日。
後任太守秦頡擊斬張曼成。黃巾餘兵又舉趙弘為帥，人眾越來越多，達到十幾萬人。
朱儁、荊州刺史徐璆和秦頡合兵，共一萬八千多人，進擊趙弘，從六月直到八月，始終不能取勝。
有人上奏，要召朱儁回京。司空張溫上疏勸阻，他說：「當年秦用白起，燕任樂毅，都是曠年持久，才能夠克敵。朱儁討潁川，已經有功效，率部南征，計劃已定，臨陣換將，這是兵家所忌的，應該給他時間，讓他成功。」靈帝依議。朱儁於是揮兵急攻宛城，殺死趙弘。
黃巾義軍又以韓忠為帥，仍然佔據宛城。朱儁兵少不敵。於是解散城圍，紮下營壘，築造土山，面對城內。
鳴鼓吶喊，擺出進攻城西南的態勢。黃巾軍全都趕赴應敵。朱儁卻自率精兵五千，進攻東北，將士鼓勇，登城而人，韓忠退守小城，驚懼非常，請求投降。
朱儁的司馬張超及徐璆、秦頡皆欲聽之。朱儁不同意，他說：「出兵有形同而實異的地方。當初在秦末的時候，人民沒有穩定的君主，所以以賞附來勸降。現在海內一統，只有黃巾造反，納降他們不能使人向善，討伐他們足以懲惡。現在如果接受他們的投降，那就滋長他們造反的意念，給他們有利就進戰，不利就乞降的想法，這是縱敵長寇的策略，不是良計。」說完，下令急攻，但一連數日，都未能攻克。
朱儁登上土山，瞭望黃巾營壘，然後對張超說道：：「我知道了！賊人的外圍堅固，內營逼急，求降不得，想出也出來不得，所以他們殊死戰鬥。
萬人一心，尚且不可當，何況是十萬呢！強攻的害處太大了。不如把包圍撤除，集合部隊進城。韓忠看見包圍已經解除了，一定會自己出來，等他們出來，兵心就散了，這是易於攻破的方法啊。」
於是下令解圍。韓忠見圍解，果然引軍出戰，朱儁乘勢進擊，大破其軍，追擊十餘裡，斬殺。
韓忠等人只好投降。秦頡殺死韓忠。黃巾餘眾不能自安，又以孫夏為帥，還駐宛城。朱儁進攻，孫夏敗走，朱儁縱兵擊殺數萬。黃巾因此破散流離。
公元185年（中平二年）春天，朝廷任命朱儁為右車騎將軍。朱儁率兵回京，被任命為光祿大夫，增加食邑五千戶，改封錢塘侯，加位特進。後來因為母親喪離職。服畢起家，任將作大匠，轉任少府、太僕。
黃巾起義之後，各地農民紛紛起義。其中大聲的就自稱雷公，騎白馬的就自稱張白騎，行動輕便的就說是飛燕，鬍鬚多的就號稱於氐根，大眼的就說大目，如此多的稱號，都各有原因。
人多的聚眾二三萬，小的也有六七千人。其中，以常山人張燕勢力最大，他輕勇矯捷，軍中都號稱是「飛燕」，他善得士卒的愛戴。
據眾百萬，佔據黑山，朝廷無法討平。後