第二次的危機就是如今了，東林黨人最大的對手是太子太保、戶部尚書、右都御史、漕運總督鄭勛睿。
這一次東林黨人遭遇的危機，與天啟年間的危機有了很多的不同之處，但有一點是相同的，那就是東林書院同樣遭遇到根本上的危機。
鄭勛睿是東林黨人不同尋常的對手，雙反交手的次數不是很多。大部分的時間，都是東林黨人主動進攻，鄭勛睿處於防禦的狀態，可是在這樣的交手過程之中，東林黨人的力量被逐漸的削弱，依附或者是支撐鄭勛睿的人越來越多了。這一點在淮北的讀書人之中體現的非常明確。
鄭勛睿的厲害之處就在於，不在乎與東林黨人爭一時之長短，而是從根子上進行改變，現如今東林書院在淮北完全絕跡，復社和應社更是無法立足，但鄭勛睿做出來這些事情，影響明顯不是很大，甚至沒有引發太多讀書人的關注，因為鄭勛睿總是能夠在淮北做出其他的事情。引導眾人轉移目光。
鄭勛睿屬於暗地裡動手，而且每一次動手，都是穩準狠的方式，讓東林黨人幾乎沒有還手的餘地。
鄭家軍的強大，讓鄭勛睿處於不敗之地，也讓鄭勛睿與東林黨人之間的鬥爭，歷來都是處於不敗之地，總是能夠找到最好的時機。給與東林黨人致命的打擊。
兩相比較，鄭勛睿才是東林黨人真正的對手。當初的魏忠賢，根本不算什麼。
這其中的區別，錢士升和侯恂是非常明白的，那就是當年的魏忠賢，採取的是依靠權勢一味的打壓東林黨人，加之魏忠賢是太監的身份。太監治理國家本來就是禍國殃民的趨勢，這才會導致眾多的讀書人反抗。
鄭勛睿就不一樣了，有著非同一般的學識，可謂是大明科舉第一人，而且鄭勛睿採用的方式。打壓與現實結合，其在陝西和淮安等地做出來的一系列成就，讓很多的讀書人心服口服，鄭勛睿麾下的鄭家軍，已經成為大明的中流砥柱，如此情況之下，鄭勛睿對東林黨人動手，就會讓那些有著思考能力的讀書人辯證的對待。
楊廷樞、吳偉業、顧夢麟、史可法等人的轉變，就充分說明瞭這一點。
錢士升和侯恂兩人，完全認識到了這一點，在內閣裡面，兩人窮盡一切的辦法，目的就是要打壓鄭勛睿，讓東林黨人能夠逃過這一劫，讓東林黨人能夠徹底征服鄭勛睿。
他們不是沒有想過團結鄭勛睿，若是能夠吸納鄭勛睿，那麼東林黨人的力量將變得異常強大，可是他們發現這樣的想法沒有存在的可能性，就從淮北發生的一系列事情來說，鄭勛睿與東林黨人之間的矛盾就是無法調和的。
東林黨人與商賈和士大夫之間的聯絡是異常緊密的，你中有我我中有你，他們的利益也是聯絡在一起的，這是東林黨人存在的根本，但是鄭勛睿從根子上反對這樣的做法，出任漕運總督之後，毫不留情的剝奪商賈的利益，要求商賈繳納保護費，其實這就是要求繳納商貿賦稅，現如今觸手慢慢開始觸及到士大夫，譬如說淮北農業賦稅方面的政策，就出現了略微的調整，官府開始統計士大夫所擁有的耕地，對尋常百姓耕地的賦稅也按照實際情況進行調整，只要不是傻子，就應該明白，鄭勛睿準備要調整農業賦稅了，到時候士大夫和讀書人，恐怕也要不同程度的承擔農業賦稅了。
這樣的做法等於是要了東林黨人的命，故而他們與鄭勛睿之間的矛盾，無法調和。
眼看著鄭勛睿的實力愈發的強大，特別是去年打敗後金韃子，更是展現出來強悍的實力，錢士升和侯恂曾經悲觀的認為，東林黨人最終會拜在鄭勛睿的手裡。
可是情況突然出現了改變，皇上猜忌鄭勛睿的心思毫無保留的展現出來。
這讓錢士升和侯恂看到了希望，看到了東林黨人徹底打敗鄭勛睿的希望。