粵軍的強大攻勢之下，孫軍最終不敵，這才真正的願意繳械投降。晚上八點，粵軍司令鍾景堂向葉舉所在的總部電報軍情。起內容包括了孫系北伐軍已悉數繳械；總統府關閉鐵閘不肯開，粵軍已將總統府包圍，並在觀音山開炮三響作為恐嚇之意；虎門全境已完全收復，長洲堂經派三營往收復；另派兵三營進駐河南；還有孫逸仙任命的財政部長廖仲愷已經被關押在石龍。
這場總統府之戰，計孫系北伐軍死傷十餘人，而粵軍死傷則在三四十人左右，平民為流彈所傷者亦有二、三人。可見戰事其實並不激烈，如果說是動真格的，孫逸仙能不能跑掉站且不提，在大軍的重重包圍之下，陳可鈺等人定是死無葬身之地的。
平定局勢的過程中，粵軍軍紀嚴肅，而葉舉所最顧慮的，卻是孫逸仙在廣州市內所招募的民軍，唯恐這些有著不良記錄的匪兵趁機擾亂民間。在此之前，孫逸仙任命姚雨平為大本營遊擊司令，大量招募土匪，編為民軍，以供調往韶關作為襄助北伐的後勁。
姚雨平在廣州市內設定了四十二所募兵機關，葉舉早已注意到了這一點，所以6月16日的微晨，便命令粵軍的第一步軍事行動，就是把這些散在廣州市各處的民軍繳械解散。
同時，第三師師長魏邦平本人雖聲言守中立，但其部屬旅長陳章甫則協助維持地方秩序，由各部隊混合組織粵軍聯合巡查隊，陳章甫任指揮官。在把總統府守軍繳械後，即開始有序的分佈於市內各地，竭力維持治安。還派軍車巡遊街道，懸掛著“匪徒搶掠，就地槍決”等標語。
這一番舉措，使得廣州城很快便從混亂的局面中平靜了下來恢復了往昔的火力。
孫中山於十六日微晨登楚豫艦後，即率艦隊繞道集中於黃埔，此時的孫逸仙，早就被憤怒和屈辱衝昏了頭腦。葉舉此舉，無疑是對軍政府大總統、**黨總裁、辛亥之“國父”的極端藐視。
他不顧周圍海軍將官的勸諫，執意要下令要使用開花彈向居民區開炮，還要求以機關炮進行掃射
當孫中山於十六日下令海軍開炮時，身為艦長的溫樹德意頗猶豫。此人曾就讀於英國皇家海軍學校，受到的是最正統的軍事教育。況且岸上都是自己國家的平民，他實在是不忍心以炮火相加。
而且各艦艦長也都不願開炮，但他們都被孫系人馬嚴密監視，起中更有黨徒聲稱：“天大事情，由總統負責。”艦上軍官被水手以手槍威脅，強迫向長堤岸上市區開炮，這些水手是孫中山前在海員公會招募上船的。
在性命受到威脅的情況下，各艦長自然是無話可說，只得向空亂轟一陣，因為有意的避開了民房稠密的地方，故而毀壞的地方較少。
就在這個1922年6月17日的上午，孫逸仙親率永豐等七艦由黃埔出動，於中午過後一點半鐘，在粵省大河海珠天字碼頭，士敏土廠前各處開炮轟擊，又向白雲山，觀音山，大沙頭的廣九車站，沙河等處進行了覆蓋性射擊。
在兩個小時內，先後發炮達六十餘響，才總算是暫時停止。下午五點，卻又重新開炮直到黃昏時候的起點左右，艦隊才歸隊退卻。兩次炮轟，炮聲前後將及百響，子彈橫飛，四散墮下，傷人毀物，不知凡幾。
這種轟動性的新聞，當然是被各大報章指摘唾罵，海珠前兩岸都是商店居民繁密的地區，開炮時，附近居民紛紛喊救，行人不幸罹彈死者十餘人，而東提一帶，除東亞酒店外，無一鋪戶不受損毀。
就以冠月茶樓為例，整棟房屋被炸燬，死傷將近三十餘人。河南，觀音山，沙河，大沙頭附近一帶民房，亦受糜爛，而以河南東部的房屋，受到損毀最大。這兩次炮轟，房屋損失估計總共不下五百萬元。平民死傷，實數無統計，但據一般估計，總在百人以上
雙方在這裡都打出了真火葉