個緣故，孫傳庭同楊嗣昌的關係很不好，後來因為在遼東軍的使用問題上，又不小心得罪了高起潛，被皇帝降旨切責。崇禎叫洪承疇進京陛見，並使大臣郊勞，卻不許他進京陛見。顯然，崇禎皇帝對他是不怎麼信任的。
清兵退出以後，崇禎採納了楊嗣昌的建議，任洪承疇為陝甘川總督，把陝西勤王軍全部交洪承疇率領去防備流寇。孫傳庭非常反對將遼東軍全部投入到中原，他上疏力爭，直言不諱的指責，說這一部分遼東軍決不可來，倘若到來，陝西的“賊寇“就會重新滋蔓，結果無益於剿賊。
就是因為這封奏疏，孫傳庭徹底的得罪了高起潛，同時得罪了遼東軍的高層。你小子是什麼意思嗎？說我們遼東軍來了以後，陝西流寇反而會更加的聲勢大漲，這不是在痛罵我們遼東軍剿賊不力，甚至是和陝西流寇沆瀣一氣嘛？
其實，奏疏上的理由，都是幌子。最根本的原因，還是洪承疇和孫傳庭他們不願意遼東軍前來分享功勞。一直以來，都是他們幾個在陝西剿賊，一旦有了外人，就不好辦了。這裡面有些東東，是他們幾個一早就說好了的，要是換一個外人來，還是一個很強勢的外人，弄不好，是要出事的。
說得冷酷一點，就是將流賊都剿滅了，他們的好日子也就到頭了。沒有了流賊，他們還拿什麼問朝廷要錢要糧？就好像是遼東軍那樣，要是沒有了韃子，朝廷還會在乎他們的感受嗎？還會優先撥付他們的錢糧嗎？不讓他們解甲歸田就算是不錯的了。
遼東軍不願意別人插手他們的地盤，秦軍同樣不願意讓別人插手他們的事務。因為這個緣故，秦軍和之前盧象升的湖廣軍已經有不少的矛盾，花費了好大的力氣，雙方最後總算是協調好了。要是現在遼東軍、晉軍都來插一腿，天知道前線會亂成什麼樣子。只怕李自成他們，是可以大搖大擺的從備軍的結合部輕鬆透過的。
孫傳庭是個非常驕傲自負的人，一向對楊嗣昌代皇帝籌劃的用兵方略很瞧不起。由於他沒有能夠像洪承疇那樣受到郊勞和召見，對楊嗣昌更加不滿，決心同楊嗣昌鬥一下，所以在清兵退走之前他就上疏說：“年來疆事決裂，多由計畫差謬。待戰事告竣，懇皇上一賜陛見，面陳大計。”
經過力爭陝兵回陝的鬥爭失敗，他渴望陛見的心情更加迫切。如今果然蒙召對了，有機會給他說話了，但皇上叫他的口氣是那麼嚴厲，是不是會允許他把許多有關國家大計的話痛快奏陳呢？他俯首屏息，誠惶誠恐，一面靜候皇上問話，一面向象牙朝笏上偷眼瞧看那上邊用工整的小楷寫著他要面奏的方略要點。
向孫傳庭打量了片刻之後，崇禎怒容滿面，用威嚴的聲音說：“孫傳庭，朕前者命你巡撫陝西，協助洪承疇剿辦流賊，三年來雖然不無微勞，但巨賊李自成及劉宗敏等並未拿獲，遺患無窮。去冬潼關南原之戰，汝連疏告捷，均言闖逆全軍覆滅，屍積如山。欺飾戰績，殊屬可恨！朕今問汝：闖逆現在何處？”
皇上的震怒和責問，孫傳庭完全沒有料到，簡直像冷不防當頭頂挨一悶棍。儘管他的性格十分倔強，也不由得轟然出了一身冷汗，臉色灰白，四肢微微戰慄。很快，他就醒悟過來了。他在打擊楊嗣昌的同時，楊嗣昌又何嘗不是在打擊他？崇禎皇帝的責問，顯然就是因為楊嗣昌的緣故。
想到這裡，孫傳庭的內心，更加的不服氣。你丫的楊嗣昌，打仗的本事沒有，打小報告的本事倒是很強啊！就以你這點小心眼，還想入閣？他鼓著勇氣回答說：“微臣前奏闖賊全軍覆滅，確係實情，不敢有絲毫欺飾，有總督臣洪承疇可證。”
“啪！”
崇禎把御案一拍，嚇得孫傳庭急忙低頭。
“狡辯！你不惟沒有將闖賊拿獲，連其重要黨羽如劉宗敏，田見秀、高一動、李過等均一併漏網。汝奏疏中所謂’逆